Les combinaisons de phages comme alternative aux pesticides

Une équipe internationale de chercheurs a démontré l'intérêt d'utiliser des combinaisons de phages pour lutter contre des bactéries attaquant des productions végétales. Les résultats de ces travaux, menés sur Ralstonia solanacearum, à l'origine du flétrissement bactérien des plans de tomates notamment, ont été publiés en décembre dans Nature Biotechnology. Si les propriétés des phages sont connues depuis le début du XXe siècle, ils ne font que récemment l'objet de travaux de recherche en santé humaine (alternative aux traitements antibiotiques), plus rarement en santé des végétaux (alternative aux pesticides). Dans les deux cas, le défi est d'éviter le développement de résistances.

Afin de réduire ce risque, les auteurs ont utilisé des combinaisons de souches de phages très proches génétiquement, qui ont ralenti et limité le développement des résistances des bactéries à ces virus. Les résultats, obtenus lors d'essais en plein champ et sous serre, ont également mis en évidence le bénéfice d'un traitement par phage au microbiome de la rhizosphère. En effet, en diminuant la charge bactérienne pathogène ciblée, les mécanismes d'auto-défense des plantes ont été renforcés : amélioration des conditions pour les bactéries favorables à la plante et renforcement de leur capacité à concurrencer les autres pathogènes. Ces travaux pourraient à terme déboucher sur des solutions commerciales.

Source : Nature Biotechnology

Modélisation de l'infection d'un pays européen par le virus de la peste porcine africaine

Si la peste porcine africaine (PPA) sévit fortement en Chine, l'Union européenne (UE) est également une zone où cette épizootie persiste, avec des risques sanitaires et économiques majeurs. Des chercheurs ont publié récemment, dans Frontiers in Veterinary Science, une proposition de modèle permettant de gérer le risque, en se focalisant sur des zones de petite dimension où les moyens de prévention pourraient être déployés de façon plus efficiente.

Pour cela, ils ont divisé l'UE en carrés de 100 km² et ont calculé pour chaque zone, à partir des données de 2018 (cas de PPA dans les zones voisines, flux de porcs, de sangliers et de produits issus de ces animaux), la probabilité de survenue d'un cas de PPA en 2019. Ils prennent en compte trois modes de contagion possibles : circulation légale de porcs domestiques, mouvements des sangliers, commerce de produits d'origine porcine.

La double originalité de leur démarche est d'associer les trois modes de contagion à petite échelle, la plupart des modèles actuels ne prenant en compte que l'un des trois et à des échelles supérieures (État membre ou région administrative). Sans surprise, les zones les plus à risque se situent en Europe de l'Est et dans les États baltes, en Allemagne, dans le Benelux et le nord de la France. Étonnamment, l'Italie présente un fort risque lié à la commercialisation de viande porcine, en particulier en Sardaigne.

Risques d'émergence d'un cas de PPA dans l'Union européenne en 2019

Source : Frontiers in Veterinary Science

Lecture : la figure A représente le risque d'émergence d'un cas de PPA chez un sanglier, par contagion auprès d'un autre sanglier ou par un produit porcin. La figure B représente le risque d'émergence d'un cas de PPA chez un porc domestique, par contagion lié au transport d'un porc, par contact avec un sanglier ou par commercialisation d'un produit d'origine porcine.

Source : Frontiers in Veterinary Science

Eutrophisation des mers et océans en Europe : un état toujours préoccupant bien qu'en voie d'amélioration dans certaines zones

Un rapport de l'Agence européenne de l'environnement, de décembre 2019, fait un état des lieux des niveaux d'eutrophisation des eaux marines européennes. En ne considérant que les zones où les données sont disponibles (en vert sur la carte ci-dessous), environ 24 % des eaux présentent un niveau élevé, et donc problématique. Parmi elles, la mer Baltique est la plus touchée, avec 99 % d'eutrophisation. Les concentrations en polluants y sont en diminution, mais il faudrait 150 à 200 ans pour qu'elle atteigne un bon état environnemental. Au contraire, la mer Méditerranée semble peu impactée (12 % d'eutrophisation), mais le manque de données caractérisant cette zone pourrait biaiser cette estimation.

Le rapport préconise de classer en zone vulnérable (au sens de la directive « nitrates ») tout espace agricole en amont d'un bassin versant débouchant dans des eaux marines eutrophisées. Le seuil limite de rejets d'éléments nutritifs devrait être fixé via une modélisation des impacts plutôt que selon une limite générique. Une meilleure accessibilité aux données serait ainsi indispensable.

Niveau d'eutrophisation des mers et océans européens

Source : European Environment Agency

Lecture : en bleu, les zones où les données ne sont pas accessibles ; en vert, le niveau d'eutrophisation (élevé pour les 3 couleurs les plus foncées, faible pour les 2 verts clairs).

Source : European Environment Agency

Politique agricole commune et « données retardataires »

Dans un article publié par la revue d'anthropologie Techniques & Culture, L. Magnin (université Paris-Est et ENS-Lyon) livre un aperçu de sa thèse en cours sur l'écologisation des politiques agricoles vue à travers le prisme des haies. Il s'intéresse aux retards de paiement des aides PAC suite aux difficultés de refonte du registre parcellaire graphique (RPG) : cette pièce centrale du système intégré de gestion et de contrôle, dont l'unité de référence était l’îlot de culture, a dû intégrer et « numériser des composantes paysagères de plus en plus petites » (ex. : mares, cours d'eau, bosquets, haies).

Son enquête de terrain, menée dans les services chargés de l'instruction des demandes d'aides, de l'alimentation du RPG et du paiement aux agriculteurs (services d'économie agricole des Directions départementales des territoires - DDT, Institut géographique national - IGN, Agence de services et de paiement - ASP), et des entretiens avec des acteurs impliqués dans le chantier de refonte du RPG, lui permettent de proposer deux explications de ces retards. L'une tient, selon lui, à l'organisation et à la gouvernance du chantier, constat qui recoupe des conclusions de la Cour des comptes. L'autre est liée à la complexité de la numérisation, et en particulier à « la sous-estimation, quantitative et qualitative, du travail de mise en données auquel ont œuvré des centaines de ''photo-interprètes'' ».

Capture d’écran du « registre parcellaire graphique » (RPG) sur le site de déclaration Telepac

Source : Techniques & Culture

Source : Techniques & Culture

Des données sur les produits phytosanitaires à l'échelle départementale

L'Office français de la biodiversité a mis en janvier 2020 à disposition, en ligne, des données sur les produits phytosanitaires. L'outil de visualisation de cette base de données (Dataviz) permet d'extraire les données d'achat les plus récentes à l'échelle du code postal (pour la période 2015-2018), et de retracer l'évolution des ventes par département sur la période 2008-2018. Il est également possible de connaître les substances actives phytopharmaceutiques les plus vendues, les tonnages de substances achetées rapportés à l'hectare, ainsi que l'état des ventes des substances dangereuses pour l'environnement et de celles dangereuses pour la santé humaine.

Capture d'écran de l'outil Dataviz de visualisation des données de vente et d'achat de produits phytosanitaires en France

Source : Office français de la biodiversité

Source : Office français de la biodiversité

Nouvelle édition du rapport sur les risques globaux du Forum économique mondial

Le Global Risks Report 2020 du Forum économique mondial, paru en janvier, traite des risques globaux et de leurs interconnexions. Publié annuellement, il se base sur une analyse de la littérature, des travaux d'experts et l'enquête Global Risks Perception Survey (GRPS), à laquelle ont contribué environ 1 000 répondants, issus des secteurs public et privé, du monde universitaire et de la société civile. Les risques environnementaux dominent toujours plus le paysage international, en termes de probabilités et de niveaux d'impacts : changement climatique et événements météorologiques extrêmes, gaz à effet de serre, perte de biodiversité, risques naturels d'origine anthropique. Deux parties du rapport sont en outre consacrées aux inégalités d'accès aux technologies numériques et au risque de régionalisation d'Internet pour des raisons de cybersécurité, ainsi qu'aux défis d'avenir pour les systèmes de santé.

Le paysage global des risques en 2020

Source : Global Risks Report 2020

Source : Global Risks Report

Une analyse des discours scientifiques sur la question alimentaire mondiale depuis 50 ans

Comment nourrir une population mondiale croissante ? Cette question a fait l'objet de nombreuses publications au cours des cinquante dernières années. Afin de voir les évolutions des discours scientifiques sur le sujet, des chercheurs suédois ont analysé un corpus de 12 640 publications. Au moyen d'un algorithme de regroupement, ces publications ont été classées en trois catégories, en fonction de l'angle sous lequel elles abordent cette question : la production alimentaire globale ; la demande par habitant ; la croissance de la population.

Les chercheurs montrent que l'augmentation de la production est l'angle privilégié par un nombre important et croissant d'analyses, alors que la réduction de la demande alimentaire par habitant n'a toujours suscité qu'une attention limitée. Par ailleurs, alors que nombre de publications abordaient cette question sous l'angle de la population il y a 50 ans, cette perspective est aujourd'hui marginale. Enfin, les auteurs constatent que très peu de publications combinent ces trois angles d'approche.

Répartition des publications au cours du temps selon les trois catégories

Source : Global Food Security

Lecture : les courbes jaune (resp. bleue, violette) montrent les proportions de publications mobilisant des approches par la production alimentaire (resp. par la demande par habitant, par la population).

Source : Global Food Security

Le rôle des intermédiaires du marché du travail dans la restructuration des chaînes agroalimentaires latino-américaines

Publié fin 2019, un article de la Revista Latinoamericana de Estudios Rurales traite de la revitalisation des formes d'intermédiation du marché du travail, dans le contexte de libéralisation des relations de production agricole et agroalimentaire en Amérique latine. L'auteur analyse les études disponibles sur diverses filières (vigne, canne à sucre, maraîchage, yerba mate, laine de mouton, etc.), menées en Argentine, au Brésil, au Mexique et en Uruguay. Il s'intéresse à différents « intermédiaires » (dénommés, selon les pays, enganchadores, cuadrilleros, capataces, contratistas, etc.), et étudie leurs rôles, tant dans leurs relations avec les entreprises demandeuses de main-d’œuvre qu'avec les travailleurs eux-mêmes. Il en conclut qu'ils constituent un maillon essentiel dans le développement du capitalisme en milieu rural qui gagne ainsi en productivité et compétitivité, grâce à la réduction des coûts et des risques, et à l'externalisation de la gestion de la force de travail et des conflits.

Source : Revista Latinoamericana de Estudios Rurales

Les paysages ont tendance à se simplifier au cours du temps

Des géographes de l'université de Cincinnatti ont posé ce diagnostic en analysant l'évolution de la composition des paysages à l'échelle mondiale, entre 1992 et 2015, à l'aide d'images satellites haute résolution. L'étude a porté sur près de 1,8 million des carreaux de 9 km de côté, répartis sur tous les continents. 15 % d'entre eux ont connu, sur la période, une transition d'un type à un autre (agricole, forestier, urbain, etc.). En analysant finement les transformations d'une multitude de paysages différents, les chercheurs simulent leurs trajectoires à long terme. Utilisant la méthode Monte-Carlo, ils reproduisent alors l'évolution la plus probable d'un paysage donné, sans pour autant l'expliquer par des facteurs socio-économiques ou écologiques.

À partir d'un certain seuil de fragmentation, les paysages mixtes de moins de 10 km² sont en transition, évoluant en faveur des composants majoritaires. Ainsi, le passage d'un paysage forestier vers un paysage agricole est progressif et fait apparaître une mosaïque imbriquée d'éléments des deux types. Mais dès que la forêt en représente moins de la moitié, la transition s'accélère. Des constats semblables ont pu être dressés sur des paysages en évolution naturelle.

Trajectoires simulées d'un paysage forestier évoluant vers un paysage agricole, la trajectoire 1 étant la plus probable

Source : Geophysical Research Letters

Lecture : la phase 1 est celle qui conduit de 100 % de forêt à 50 % de forêt. Les nombres au-dessus des flèches entre chaque carreau représentent le temps d'attente moyen relatif entre deux étapes successives.

Ce type de modèle pourrait également être utilisé pour reproduire et analyser des transitions à la fois plus rapides dans le temps et comportant un plus grand nombre d'états intermédiaires, comme l'avancée de la désertification ou de l'urbanisation.

Source : Geophysical Research Letters

Pour un partenariat en santé globale au Sud

Le Cirad a publié en décembre 2019 un policy paper proposant un renforcement du dialogue en santé globale (One Health). Les auteurs considèrent que, face à l’augmentation des crises sanitaires en médecine humaine ou animale, l'association des différentes organisations publiques, privées et associatives est une obligation pour prendre des mesures efficaces. Ils s'appuient sur l'expérience du Cirad et de la création, depuis 2009, de 22 dispositifs de recherche et d'enseignement en partenariat. Ancrés sur un territoire, en lien avec les acteurs politiques, économiques et associatifs locaux, ils permettent une collaboration entre organismes de recherche et d'enseignement privés et publics. Les auteurs donnent quatre exemples de dispositifs travaillant en santé globale dans l'hémisphère sud : le Réseau caribéen de santé animale, le réseau Risques émergents en Asie du Sud-Est, le Réseau régional One Health de l'Océan Indien, et le réseau Produire et conserver en partenariat en Afrique australe.

Associer et former les acteurs politiques et économiques locaux permet d'envisager une meilleure implication de leur part dans la recherche et donc une plus grande efficacité dans la lutte contre les crises. Pour les auteurs, il serait bénéfique d'élargir ces liens entre réseaux régionaux à l'échelle mondiale, en commençant par des relations Sud-Sud.

Source : Cirad

Détournements des aides de la PAC dans des pays d'Europe de l'Est : retour sur une enquête du New York Times

The Conversation France revient, dans un récent article, sur une enquête au long cours du New York Times consacrée à la PAC. Les journalistes américains ont mis en évidence un système de détournement des fonds européens agricoles par certains oligarques dans plusieurs pays d'Europe centrale et de l'Est. L'enquête a d'ailleurs conduit à une récente prise de position du nouveau commissaire européen à l'agriculture devant le Parlement. Dans ce contexte, les auteurs s'interrogent sur les évolutions à venir de la PAC et leurs conséquences potentielles sur ces pratiques.

Source : The Conversation

Un chiffrage des conséquences du changement climatique sur la rentabilité des exploitations australiennes

Alors que l'Australie connaît depuis plusieurs mois une sécheresse importante à l'origine d'incendies gigantesques, l'Australian Bureau of Agricultural and Resource Economics and Sciences (ABARES), un organisme de recherche interne au ministère en charge de l'agriculture, a récemment publié les résultats d'une étude visant à apprécier les conséquences du changement climatique sur la profitabilité des exploitations du pays.

L'étude s'appuie sur un modèle économétrique permettant d'estimer leur performance technique et économique à partir de variables relatives à leur structure, au contexte de prix et au climat. Ce modèle a permis aux auteurs de simuler ce qu'aurait été la situation économique des agriculteurs australiens si les conditions climatiques des années 2000 à 2019 avaient été comparables à celles que le pays a connues de 1950 à 2000.

Les résultats de la modélisation montrent que, toutes choses égales par ailleurs, les évolutions du climat en Australie depuis les années 2000 ont induit une diminution de 22 %, en moyenne, du « profit » des exploitations du pays, considéré ici comme le revenu net d'entreprise une fois prises en compte la rémunération du travail familial et la variation de la valeur des stocks. Cette moyenne masque d'importantes disparités selon les productions, les agriculteurs en grandes cultures étant plus impactés que les éleveurs de bétail : -35 % pour les céréaliculteurs, contre -18 % pour les éleveurs ovins et -5 % pour les producteurs de viande bovine. De même, les États de l'Ouest du pays (Western Australia) et surtout de l'Est (New South Wales, Victoria), davantage concernés par les sécheresses récentes et comportant une proportion élevée d'exploitations céréalières, sont sensiblement plus touchés que les autres. La modélisation montre également que les stratégies mises en place par les agriculteurs en réponse à ces conditions climatiques nouvelles, telles que le non-labour, ont permis d'en atténuer les conséquences : en leur absence, la diminution du profit aurait été de 26 % en moyenne et de 49 % pour les céréaliculteurs.

Effet des conditions climatiques sur le profit des exploitations australiennes

Source : ABARES

En conclusion, les auteurs appellent les pouvoirs publics à renforcer leur soutien aux agriculteurs, en cherchant non pas à les protéger des conséquences du changement climatique, mais à les aider à renforcer leur résilience face à ce phénomène. Les formes concrètes que pourrait prendre ce soutien ne sont toutefois pas explicitées dans l'étude.

Mickaël Hugonnet, Centre d’études et de prospective

Source : ABARES

Recommandations du Haut conseil pour le climat pour l'évaluation des lois ayant des effets sur les émissions françaises de GES

Le Haut conseil pour le climat (HCC) a été chargé, par le gouvernement, de cadrer les méthodes d'évaluation des lois d'orientation ayant des effets sur les émissions françaises de gaz à effet de serre : il s'agit de pouvoir juger de leur contribution aux objectifs de la Stratégie nationale bas carbone (SNBC), et de leur capacité à promouvoir des leviers de la transition énergétique et écologique. Dans un rapport publié en décembre, le HCC apporte une première réponse, portant notamment sur l'opportunité d'évaluer les projets de loi et sur la robustesse de la méthodologie.

Les principales conclusions visent d'abord à trier les projets pertinents à évaluer au regard de la SNBC, afin de ne pas engorger le dispositif de préparation des textes et de pouvoir évaluer en détail les projets importants. Ensuite, les auteurs rappellent la nécessité de fonder l'évaluation sur des principes de transparence (critères, méthodes), d'indépendance de l'évaluateur, et de diffusion des résultats sous une forme appropriable par les acteurs concernés. Ils notent enfin que, en l'état actuel, les études d'impact environnemental sont généralement incomplètes ou insatisfaisantes (sources insuffisamment étayées, choix arbitraire des articles évalués), qu'elles ne sont obligatoires que pour les « projets » de loi émis par le gouvernement (pas pour les « propositions » venant du Parlement), et qu'elles deviennent obsolètes dès que les textes évoluent du fait des amendements déposés.

Un focus est notamment fait sur la loi Égalim, promulguée en octobre 2018. Les auteurs soulignent les points suivants : pas de consultation du CESE sur aucun des 98 articles ; pour quatre articles, étude d'impact repoussée aux ordonnances qui en découleront ; évaluation environnementale des seuls articles 11 (« composition des repas en restauration collective ») et 14 (« pratiques commerciales prohibées à l'occasion des ventes de produits phytopharmaceutiques »). Par ailleurs, selon les auteurs, l'article 11 a été évalué sur la base d'une étude controversée et sans se pencher sur ses impacts sur les indicateurs de la SNBC.

En conclusion, les auteurs invitent à systématiser les évaluations rigoureuses de la contribution des lois d'orientation aux objectifs de la SNBC, quand cela est pertinent, et à s'inspirer de méthodes développées aux États-Unis, au Royaume-Uni et en Australie, pour améliorer le processus, dans la transparence vis-à-vis du public et des parties prenantes.

Vincent Hébrail-Muet, Centre d'études et de prospective

Source : Haut conseil pour le climat

Vers le « zéro chlordécone » : 48 propositions pour réparer les préjudices occasionnés en Guadeloupe et en Martinique

L'Assemblée nationale a publié en décembre le rapport d'une Commission d'enquête sur les impacts économique, sanitaire et environnemental de l’utilisation du chlordécone comme insecticide agricole en Guadeloupe et Martinique, ainsi que sur les responsabilités publiques et privées dans la prolongation de son autorisation. L'objectif était également d'évaluer la nécessité et les modalités d'une indemnisation des préjudices pour ces territoires.

Autorisé à la vente entre 1972 et 1993, le chlordécone fut utilisé, dans les plantations de bananes antillaises, pour lutter contre le charançon, en dépit de sa dangerosité pour l'environnement et la santé humaine. Cette toxicité avait ainsi été constatée dès les années 1970 (scandale d'Hopewell, classement de la molécule comme « cancérigène possible » en 1979, etc.). Depuis, le lien épidémiologique a été démontré entre cette substance et l'incidence du cancer de la prostate, de troubles du neuro-développement de l'enfant et de la prématurité des naissances. Malgré le retrait de l'autorisation du chlordécone en 1993, les terres et eaux antillaises sont encore contaminées du fait de sa forte rémanence dans les sols. Ainsi, la molécule est présente dans 36 % des échantillons d'eau analysés en Basse-Terre de Guadeloupe et 90 % des sources martiniquaises seraient pollués. Cette contamination se retrouve par la suite dans les denrées alimentaires produites localement (ex. : racines et tubercules, élevages de ruminants, crustacés).

Pathologies étudiées et modes d'action susceptibles d'expliquer les principales associations observées en lien avec les expositions environnementales au chlordécone

Source : Assemblée nationale

Le rapport retrace l'histoire de l'usage de cette molécule et de son autorisation en agriculture. Il démontre la responsabilité de multiples acteurs, au premier rang desquels l’État qui, en autorisant la molécule alors que sa toxicité et sa rémanence étaient avérées, a mis en danger les populations locales. Les auteurs citent ensuite les acteurs privés (producteurs et distributeurs de chlordécone, représentants du secteur de la banane) qui ont joué un rôle important dans le maintien de la molécule sur le marché, et ce même après le retrait de son homologation.

Les députés présentent enfin 49 recommandations pour « sortir » du chlordécone et réparer les préjudices, parmi lesquelles la co-construction du prochain « plan chlordécone » avec les populations locales, la réalisation d'une cartographie intégrale de l'état de contamination des sols, un dépistage et un suivi sanitaire systémiques et gratuits pour les populations les plus exposées. Ils recommandent également un accompagnement des agriculteurs dans les démarches de dépollution, un financement prioritaire de la recherche sur les effets du chlordécone sur la santé et la mise en place d'un fonds d’indemnisation pour les victimes atteintes de pathologies occasionnées par l'exposition à cette molécule.

Estelle Midler, Centre d'études et de prospective

Source : Assemblée nationale

Évaluation de l'efficacité du système de surveillance de la tuberculose bovine en Espagne

La revue Preventive Veterinary Medicine a publié un article présentant les travaux menés par le Centre de recherche de la santé animale et le département vétérinaire de l'université de Barcelone, avec le ministère espagnol chargé de l'agriculture, sur l'efficacité du système de surveillance de la tuberculose bovine en Espagne. Cette maladie infectieuse chronique est causée par l'un des trois germes du complexe Mycobacterium tuberculosis (M. bovis, M. caprae et M. tuberculosis). Le protocole de surveillance comprend trois étapes : tests cutanés de routine, contrôles avant les déplacements des animaux vivants (ex. : entre élevages, transhumances, vers les marchés à bestiaux, etc.) et dans les abattoirs. Cette étude évalue la contribution de chacun de ces éléments à l'efficacité du système.

La longue incubation asymptomatique de la maladie entravant son observabilité, les auteurs ont utilisé un modèle mathématique permettant de simuler la propagation de l'infection au sein des troupeaux. Ce modèle SOEI considère quatre grands types d'animaux, selon qu'ils sont réceptifs à la maladie (« Sensibles »), infectés mais non encore détectables et non infectieux (« Occultes »), infectés et détectables mais non encore infectieux (« Exposés »), infectés, détectables et infectieux (« Infectieux »). À partir d'un seul animal infecté à T0, la propagation a été simulée pendant cinq ans, les animaux changeant de catégorie en fonction de l'évolution de la maladie.

Les résultats montrent que les tests cutanés de routine sont l'élément le plus efficace du système, devant la surveillance en abattoirs et les contrôles avant déplacements. L'étude démontre que 96 % des troupeaux infectés sont, en principe, détectés dans l'année suivant leur contamination, avec un délai moyen de 178 jours. La période d'évaluation (intervalle entre deux contrôles) est un facteur déterminant de l'efficacité de la surveillance. Dans les faits, la fréquence des tests de routine est le plus souvent annuelle mais peut varier selon la situation épidémiologique : tous les deux ans dans les îles (Canaries, Baléares), ou deux fois par an en Andalousie ou Estrémadure. Par ailleurs, les contrôles à l'abattoir permettent de détecter 9,5 % des troupeaux contaminés, mais aussi d'identifier d'autres maladies passées inaperçues. En revanche, les auteurs recommandent aux pouvoirs publics de réévaluer le rapport coût/efficacité des tests préalables aux déplacements.

Cartes des temps de détection (en jours) pour les différents composants du système de surveillance de la tuberculose

Source : Preventive Veterinary Medicine

Lecture : A : détection en abattoir ; B : détection avant mouvement ; C : détection lors de tests de routine ; D : système complet de surveillance de la tuberculose.

Madeleine Lesage, Centre d'études et de prospective

Source : Preventive Veterinary Medicine