Vers un réseau européen de surveillance de la résistance aux antibiotiques en médecine vétérinaire

La revue Frontiers in Microbiology a publié, en avril 2022, les résultats d’une étude conduite par un réseau de chercheurs européens provenant de diverses autorités publiques nationales compétentes en matière de surveillance de la résistance aux antibiotiques (AMR, Antimicrobial resistance). Cette étude avait été entreprise afin de développer un réseau européen de surveillance de l’AMR chez les animaux malades. La sollicitation d'experts des 27 États membres a d'abord permis d'identifier l'existence, au niveau national, d'un système de suivi de l’AMR chez les bactéries pathogènes des animaux (figure ci-dessous). Par la suite, une campagne d’entretiens a été réalisée dans les onze pays concernés et les différents systèmes ont été analysés puis comparés grâce à l’outil d’analyse SWOT (forces, faiblesses, opportunités, menaces).

Existence de systèmes de surveillance nationaux de l’AMR chez les animaux malades, à l’échelle européenne

Source : Frontiers in Microbiology

Lecture : en vert, les pays dotés d'un système de surveillance de l'AMR chez les bactéries pathogènes des animaux ; en rouge, les pays pour lesquels aucun système de surveillance n'existe ; en violet, les pays n'ayant pas fourni d'information.

Bien que les systèmes de surveillance nationaux répondent à des objectifs similaires, les auteurs soulignent la diversité de leurs financements et de leurs organisations. De plus, ces systèmes reposent souvent sur la transmission volontaire d'échantillons et peuvent être coordonnés par des structures indépendantes (universités par exemple).

Lorsqu’un système de surveillance national est en place, les experts interrogés ont mis en avant la flexibilité et la bonne collaboration des équipes en charge du suivi de l’AMR, chez les bactéries pathogènes des animaux et des humains. Cet atout pourrait encore être renforcé dans un contexte où l’approche One Health bénéficie aujourd’hui d’une plus grande visibilité. En revanche, la faible représentativité des données recueillies dans les différents pays, dans le cadre d’une surveillance passive (réception et analyse d’échantillons transmis spontanément par les vétérinaires de terrain), et l’absence de seuils quantitatifs fixés au niveau européen pour objectiver les interprétations des antibiogrammes, représentent des difficultés importantes pour les acteurs en charge de la surveillance de l’AMR chez les animaux. Malgré ces défis d’importance, les auteurs considèrent qu'une harmonisation des pratiques et l’amélioration de la qualité des données, comme cela a été le cas pour le développement du réseau équivalent en santé humaine (EARS-Net), devrait permettre de créer un réseau européen de surveillance de l’AMR liée aux usages vétérinaires (EARS-Vet). Il sera alors possible de mieux connaître les niveaux d’AMR chez les animaux et leur évolution.

Louise Dangy, Centre d’études et de prospective

Source : Frontiers in Microbiology

Une analyse de l'efficacité de capteurs pour détecter les mises-bas en élevage laitier

L'accroissement de la taille des troupeaux en élevage laitier rend plus difficile le travail de surveillance par l'éleveur, raison pour laquelle le recours aux capteurs tend à se développer. Ceux-ci sont par exemple utilisés pour assister l'agriculteur dans la détection des mises-bas. Dans un article publié dans la revue Animal, une équipe de chercheurs italiens a analysé l'efficacité d'un dispositif nouveau, permettant de suivre les mouvements de queue de l'animal. Combinant un accéléromètre et un inclinomètre, l'appareil émet des alertes lorsque des mouvements anormaux sont détectés. Les analyses statistiques montrent que, dans la quasi totalité des cas (>95 %), des mouvements anormaux sont détectés dans les trois heures précédant le vêlage, et une grande majorité des alertes (>70 %) sont effectivement suivies d'un vêlage dans les trois heures. L'efficacité de ce type de capteurs pour anticiper les mises-bas est donc avérée.

Source : Animal

Évaluation de l'efficacité du système de surveillance de la tuberculose bovine en Espagne

La revue Preventive Veterinary Medicine a publié un article présentant les travaux menés par le Centre de recherche de la santé animale et le département vétérinaire de l'université de Barcelone, avec le ministère espagnol chargé de l'agriculture, sur l'efficacité du système de surveillance de la tuberculose bovine en Espagne. Cette maladie infectieuse chronique est causée par l'un des trois germes du complexe Mycobacterium tuberculosis (M. bovis, M. caprae et M. tuberculosis). Le protocole de surveillance comprend trois étapes : tests cutanés de routine, contrôles avant les déplacements des animaux vivants (ex. : entre élevages, transhumances, vers les marchés à bestiaux, etc.) et dans les abattoirs. Cette étude évalue la contribution de chacun de ces éléments à l'efficacité du système.

La longue incubation asymptomatique de la maladie entravant son observabilité, les auteurs ont utilisé un modèle mathématique permettant de simuler la propagation de l'infection au sein des troupeaux. Ce modèle SOEI considère quatre grands types d'animaux, selon qu'ils sont réceptifs à la maladie (« Sensibles »), infectés mais non encore détectables et non infectieux (« Occultes »), infectés et détectables mais non encore infectieux (« Exposés »), infectés, détectables et infectieux (« Infectieux »). À partir d'un seul animal infecté à T0, la propagation a été simulée pendant cinq ans, les animaux changeant de catégorie en fonction de l'évolution de la maladie.

Les résultats montrent que les tests cutanés de routine sont l'élément le plus efficace du système, devant la surveillance en abattoirs et les contrôles avant déplacements. L'étude démontre que 96 % des troupeaux infectés sont, en principe, détectés dans l'année suivant leur contamination, avec un délai moyen de 178 jours. La période d'évaluation (intervalle entre deux contrôles) est un facteur déterminant de l'efficacité de la surveillance. Dans les faits, la fréquence des tests de routine est le plus souvent annuelle mais peut varier selon la situation épidémiologique : tous les deux ans dans les îles (Canaries, Baléares), ou deux fois par an en Andalousie ou Estrémadure. Par ailleurs, les contrôles à l'abattoir permettent de détecter 9,5 % des troupeaux contaminés, mais aussi d'identifier d'autres maladies passées inaperçues. En revanche, les auteurs recommandent aux pouvoirs publics de réévaluer le rapport coût/efficacité des tests préalables aux déplacements.

Cartes des temps de détection (en jours) pour les différents composants du système de surveillance de la tuberculose

Source : Preventive Veterinary Medicine

Lecture : A : détection en abattoir ; B : détection avant mouvement ; C : détection lors de tests de routine ; D : système complet de surveillance de la tuberculose.

Madeleine Lesage, Centre d'études et de prospective

Source : Preventive Veterinary Medicine

Un manuel de la FAO pour la sauvegarde de la chaîne alimentaire mondiale

Enjeu crucial pour la sécurité alimentaire dans les pays en voie de développement, les déperditions alimentaires peuvent être causées par des ravageurs ou la contamination des aliments par des agents biologiques, chimiques ou physiques. Dans ce dernier cas, à la perte liée au retrait de denrées du circuit s'ajoute le risque sanitaire en cas de consommation accidentelle des aliments. C'est pour répondre à ce problème que la FAO a publié récemment un manuel dont l'objectif est d'appuyer le développement de systèmes d'alarme et de promouvoir une surveillance à différents stades de la production. Il recense divers outils et méthodes disponibles.

On peut notamment citer une application mobile qui permet aux éleveurs de signaler des informations relatives à l'état de santé de leur cheptel, par l'envoi d'un signalement au Système mondial d'information sur les maladies animales (EMPRES-i). Cette application a déjà été déployée dans plusieurs pays, notamment en Afrique. Ce dispositif rend possible une analyse épidémiologique puis une intervention rapide pour gérer l'épisode à un stade précoce.

Source : FAO

Biosécurité et surveillance des animaux

La Revue d’anthropologie des connaissances consacre son dernier numéro aux réagencements de la surveillance des animaux à l’aune des préoccupations de « biosécurité ». Par là, il faut entendre une « transformation des techniques scientifiques et politiques en matière de gestion des maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes », désormais de plus en plus orientées vers la préparation à « une catastrophe dont la probabilité est incalculable et dont l’arrivée est perçue comme imminente ».

Selon Nicolas Fortané (Inra) et Frédéric Keck (musée du Quai Branly), qui coordonnent le numéro, « pour saisir ce que fait et ce qui fait la biosécurité », il importe « d’étudier ‘par le bas’ » les activités de surveillance, « au lieu de partir des injonctions ou des principes qui les orientent ‘par le haut’ ». L’attention à l’« émergence », au cœur des approches unitaires de la santé (One Health), est ainsi mise en perspective à partir de différents terrains : rôle de l’OMS dans les premières mobilisations internationales autour d’un réservoir animal de grippe, surveillance des animaux d’élevage au Zimbabwe et en Mongolie, attente des invasions de criquets pèlerins en Mauritanie, contrôle des moustiques à La Réunion, fonctionnement d’un réseau de surveillance des bactéries résistantes d’origine animale (Resapath).

Les dispositifs de surveillance existent « au sein d’univers complexes, qui ne sont pas nécessairement organisés (ou en tout cas principalement organisés) autour de cette activité qu’est la surveillance des animaux ». C’est ainsi « un des enjeux de la surveillance que de faire entrer dans des dispositifs de préparation aux crises sanitaires des pratiques d’encadrement des productions agricoles, des pratiques commerciales, des pratiques académiques ou encore des pratiques de contrôle des populations humaines ou de préservation de la biodiversité ».

Florent Bidaud, Centre d’études et de prospective

Source : Revue d’anthropologie des connaissances