Trop peu de recherches sur les liens entre forêt, déforestation et maladies émergentes

Une analyse bibliométrique menée par une équipe de chercheurs français, publiée en mai 2020 dans la revue Environmental Research Letters, montre que les interactions entre la forêt, la déforestation et les maladies infectieuses émergentes sont peu documentées. En recherchant ces trois termes, dans le titre ou le résumé des articles publiés, les auteurs n'en ont trouvé que 565 entre 1953 et 2018. Qui plus est, la plupart se limitent à l'étude d'une partie de la chaîne de transmission des maladies, traitant seulement de la maladie de Lyme et des leishmanioses cutanées, ou considérant uniquement le continent américain. Seuls 165 articles envisagent réellement ces interactions et permettent d'éclairer, par exemple, les origines de la pandémie de Covid 19.

Les auteurs concluent sur l'importance de développer des recherches sur cette thématique, en privilégiant une échelle globale et une approche systémique, de façon à mieux comprendre et prévenir les dynamiques à l’œuvre.

Illustrations schématiques de maladies infectieuses ayant une origine forestière dans des situations de déforestation et d'augmentation des interactions entre l'homme et le milieu naturel

Source : Environmental Research Letters

Lecture : à gauche, les ronds colorés illustrent la distribution de quatre maladies émergentes naturellement présentes dans ce type d'écosystèmes forestiers, le virus Nipah (en rouge), la bactérie responsable de l'ulcère de Buruli (en vert), les virus d'immunodéficience simienne (VIS) et humaine (VIH) (en jaune), la malaria (en bleu). À droite, les schémas montrent comment la déforestation liée au développement de l'agriculture, à l'installation des hommes et à la consommation de viande d'animaux sauvages modifie les équilibres et augmente le risque d'exposition des humains à ces maladies.

Source : Environmental Research Letters

ROADMAP, un groupement de chercheurs sur les antimicrobiens

En mai 2020, le projet européen ROADMAP (Rethinking Of Antimicrobial Decision-systems in the Management of Animal Production) a diffusé une première newsletter fournissant des données sur ce sujet et un état d’avancement du projet. De 2019 à mai 2023, ce travail sur l'antibiorésistance associera 17 partenaires (universités, instituts de recherche, industriels) provenant de 9 États membres. Pour la France sont mis à contribution INRAE (coordinateur), le CIRAD, INRAE transfert et l'ACTA. Le réseau promeut un usage prudent et raisonné des antimicrobiens en élevage, sur le fondement d'une analyse des déterminants socio-économiques de leur usage, de stratégies de conduite du changement et de scénarios d'impact portant sur diverses productions animales (filières porc, aviaire, lait et viande bovine) de pays européens ou non (Vietnam, Mozambique).

Source : ROADMAP

L'EFSA fait un point sur la fièvre de la vallée du Rift en Europe et à Mayotte

L'Agence européenne de sécurité sanitaire (EFSA) a publié, dans son EFSA Journal, deux articles consacrés à la fièvre de la vallée du Rift (FVR) en Europe et à Mayotte. La FVR est une maladie virale transmise par des moustiques des genres Aedes et Culex. Chez les animaux atteints (ruminants, camélidés domestiques et sauvages), elle provoque surtout des avortements. Zoonose souvent bénigne chez l'homme, elle peut néanmoins se présenter sous des formes graves, voire mortelles. Endémique en Afrique sub-saharienne et dans la péninsule arabique, la maladie est apparue il y a vingt ans en Afrique du Nord, en Turquie et au Moyen-Orient. Sa circulation à bas bruit dans les élevages a motivé une évaluation du risque de son introduction en Europe, alors qu'aucun cas n'y a jamais été rapporté.

Celle-ci pourrait se faire par l’intermédiaire d’animaux vivants infectés ou de moustiques porteurs embarqués dans des bateaux (notamment dans des conteneurs) et des avions provenant de pays touchés. Grâce aux règles sanitaires strictes en matière d'importation d'animaux vivants, le risque est jugé faible à très faible dans la plupart des pays de l'UE et plus élevé dans ceux ayant des relations commerciales intenses avec les régions où se développe la maladie (Pays-Bas, Malte, Grèce, Chypre). Pour enrayer la FVR, l'EFSA recommande une coopération importante avec les pays d'Afrique du Nord et du Moyen-Orient, un renforcement et une harmonisation de la surveillance et des capacités de réponse en Europe, ainsi qu’une lutte par désinsectisation contre les vecteurs.

Disparue de Mayotte en 2007, 126 cas chez des ruminants et 143 cas humains y ont été diagnostiqués entre novembre 2018 et octobre 2019. Chez les premiers, la prévalence d'avortements a été multipliée par 5 par rapport aux années précédentes, et la production laitière a diminué de 18 %. Le climat tropical favorise la persistance des insectes vecteurs pendant toute l'année et, en outre, des animaux infectés sont introduits illégalement depuis les Comores. Déjà confrontés à une FVR endémique, les pays les plus exposés à une transmission en provenance de Mayotte sont les Comores, Madagascar, le Mozambique et la Tanzanie. L'EFSA juge le risque d'introduction en France métropolitaine très faible et faible pour la Réunion.

Distribution géographique des cas de FVR dans les élevages de ruminants mahorais en 2018-2019

Source : EFSA

Franck Bourdy, Centre d'études et de prospective

Sources : EFSA, EFSA

Prioriser la lutte contre les maladies animales selon leurs impacts potentiels et risques d'introduction

Dans le but d'affecter au mieux les ressources disponibles pour la lutte contre les maladies animales, un article publié en avril 2020 dans Frontiers in Veterinary Science propose un outil permettant d’évaluer les probabilités d'introduction de 18 maladies sur un territoire donné et d'estimer leurs impacts potentiels. Centrée sur l'Écosse, l'étude utilise des données publiques (recensement agricole écossais et base européenne DISCONTOOLS), pour modéliser les populations bovines, ovines, équines, porcines et aviaires. Les caprins sont exclus car trop peu nombreux.

Selon le classement obtenu, l'influenza aviaire hautement pathogène, la fièvre aphteuse chez les bovins et la fièvre catarrhale chez les ovins présentent le niveau de criticité le plus élevé, en dépit de la baisse du risque d'introduction de l'influenza depuis 2017. Pour les auteurs, ces trois maladies devraient donc être surveillées en priorité.

Impact des maladies en Écosse (en pourcentage par rapport à la maladie de plus fort impact), en fonction du risque d'introduction (négligeable, très faible, faible, moyen et élevé), selon l'espèce considérée

Source : Frontiers in Veterinary Science

Lecture : les flèches décrivent l'évolution entre 2017 et 2019 du risque d'introduction des maladies. HPAI : influenza aviaire hautement pathogène ; FMD : fièvre aphteuse ; PPR : peste des petits ruminants ; BTV : fièvre catarrhale ; LSD : dermatose nodulaire contagieuse ; AHS : peste équine ; ASF : peste porcine africaine ; Sheep pox : clavelée ; B. abortus : brucellose ; CSF : peste porcine ; EBL : leucose bovine enzootique ; WNV : virus du Nil occidental ; Aujesky's : maladie d'Aujesky ; LPAI : influenza aviaire faiblement pathogène ; SVD : maladie vésiculeuse du porc ; PED : diarrhée épidémique porcine ; EIA : anémie infectieuse équine ; ND : maladie de Newcastle.

Source : Frontiers in Veterinary Science

« Les visages de la pandémie » : dossier de La vie des idées

Depuis le 12 mars 2020, le site La vie des idées explore les différentes facettes des phénomènes épidémiques grâce à un ensemble de textes, régulièrement enrichi, combinant essais, entretiens et recensions d'ouvrages. Parmi ces contributions éclairantes, notamment sur la pandémie actuelle, plusieurs textes traitent des relations entre humains et animaux. Rappelant que « la vie fonctionne en réseaux, en interrelations » (symbioses, parasitismes, etc.), F. Moutou présente, de façon synthétique, trois voies de transmission des zoonoses : par contact et voisinage (ex. : rougeole), par voie orale et l'alimentation (ex. : ESB), via les vecteurs hémophages (ex. : fièvre jaune). De leur côté, F. et A. Laugrand portent un regard anthropologique sur les chauves-souris, à partir de recherches menées aux Philippines. Ils soulignent comment la proximité avec ces animaux conditionne leur perception et joue sur la sensibilité humaine aux pathogènes dont ils peuvent être des réservoirs. M. Quet, quant à lui, s'intéresse au pangolin, « pris au piège de la marchandisation de la nature » et exposé, pour des usages alimentaires et médicaux, à diverses menaces (braconnage, dégradation de son habitat, etc.).

D'autres contributions apportent des éclairages sur les conséquences de la pandémie pour les populations. La première dresse un portrait de Wuhan, ville mondialisée, et « relate les expériences de confinement racontées par ses habitants ordinaires » : réorganisation de la vie quotidienne, prépondérance du numérique, par exemple pour les courses alimentaires, etc. La deuxième est consacrée à l'Inde et en particulier aux implications du confinement pour l'alimentation des plus défavorisés. Les auteurs rappellent que la part du budget consacrée à la nourriture est, en moyenne, de 43 % pour les ménages urbains, contre 53 % pour les ménages ruraux (et 61 % pour les 5 % les plus pauvres). La crise a alors deux conséquences : une perte de sources de revenus (souvent basées sur des emplois informels) ; un risque d'interruption de la chaîne alimentaire (difficultés d'ouvertures de magasins, de mobilité des travailleurs agricoles, etc.).

Pour finir, on peut signaler plusieurs recensions d'ouvrages : La grande grippe de 1918 (F. Vinet), Un monde grippé (F. Keck), Tempêtes microbiennes (P. Zylberman), etc.

Julia Gassie, Centre d'études et de prospective

Source : La vie des idées

Coronavirus : divers regards sur la crise proposés par Terra Nova

Initiée le 23 mars 2020 par le think tank Terra Nova, cette série de contributions propose des « réflexions, témoignages et questionnements suscités par la pandémie de Covid-19 et ses multiples conséquences ». Parmi la quarantaine de contributions disponibles début mai, T. Pech rappelle les liens étroits entre urgences sanitaire et écologique : le développement des infections zoonotiques est en effet, selon lui, associé au déclin de la biodiversité et à l'augmentation des interactions entre animaux sauvages et domestiques, notamment du fait de l'expansion de l'agriculture et de l'élevage. Dans son texte publié le 10 avril, L. Dablanc revient sur la logistique en temps de crise. Toujours stratégique pour les villes, cette activité est devenue plus visible et prioritaire. Des éclairages sont donnés, grâce à un « Baromètre de la logistique urbaine en confinement », sur les aspects alimentaires (e-commerce, livraisons de repas). Pour finir, mentionnons l'analyse de L. Chabason sur la gouvernance mondiale pour mieux lutter contre les pandémies zoonotiques.

Source : Terra Nova

Le changement climatique favorise l'antibiorésistance en aquaculture

Les maladies en aquaculture sont un frein au développement de cette filière, qui contribue à la sécurité alimentaire de nombreux pays. Grâce à une méta-analyse conduite sur 460 articles scientifiques, une publication de Nature d'avril 2020 montre que, pour chaque pays, le niveau d'antibiorésistance en aquaculture est corrélé à celui dans la population humaine et à la vulnérabilité au changement climatique. En outre, les hausses de températures sont associées à une plus forte mortalité en élevage (fruits de mer, crustacés ou poissons).

Les auteurs estiment qu'il est urgent de limiter nationalement et internationalement l'utilisation des antibiotiques, afin de renforcer la sécurité alimentaire face au changement climatique : par exemple, interdire leur usage comme facteur de croissance, promouvoir des méthodes préventives comme l'emploi de probiotiques, etc.

Corrélation de Pearson entre un indicateur d'antibiorésistance (MAR) en aquaculture avec le MAR en médecine humaine (a), avec un indicateur de vulnérabilité au changement climatique (b) et avec les températures (c), selon les pays considérés

Source : Nature Communications

Lecture : plus le coefficient de corrélation de Pearson est proche de 1, plus les deux variables sont corrélées linéairement. En bleu, pays à hauts revenus ; en vert, pays aux revenus moyens-supérieurs ; en rose, pays aux revenus moyens-inférieurs. Les numéros 1 à 4 désignent, dans l'ordre, le Vietnam, l'Inde, le Pakistan et le Bangladesh, pays les plus exposés aux antibiorésistances et au changement climatique. La taille des points est proportionnelle à la production aquacole en kg/habitant.

Source : Nature Communications

Avantages du recours à un coléoptère pour limiter les conséquences de l'ambroisie

Une équipe pluridisciplinaire (biologistes, médecins, agronomes, etc.) a récemment publié une analyse coûts-bénéfices du recours à un coléoptère, au niveau européen, pour réduire l'impact du pollen de l'ambroisie (Ambrosia artemisiifolia), hautement allergène. Cet insecte, Ophraella communa, utilisé dans le cadre de la lutte biologique en Chine, a été introduit accidentellement près de Milan en 2013. Il s'agit donc de mesurer les risques d'une utilisation similaire sur le territoire communautaire.

Les auteurs évaluent le coût annuel des allergies liées à l'ambroisie à plus de 7 milliards d'euros pour l'Union européenne (traitements et arrêts de travail), une estimation très supérieure aux évaluations précédentes. À partir de l'analyse de la baisse des allergies à Milan (82 %), des résultats d'une expérimentation sur le terrain et d'une modélisation de l'extension de cette chrysomèle, ils ont estimé que le coût de l'ambroisie diminuerait d'un milliard d'euros. Ils concluent à l'intérêt d'utiliser cet insecte, notamment dans les Balkans, où l'ambroisie est très présente.

Proportion interpolée de personnes sensibilisées au pollen d'ambroisie en Europe

Source : Nature communications

Source : Nature communications

Risques professionnels dans les métiers au contact des animaux

En février 2020, la revue Travail et sécurité consacre un dossier aux risques professionnels dans les métiers au contact des animaux vivants : vétérinaires, éleveurs, vendeurs en animalerie, soigneurs animaliers, etc. Il comporte un article synthétique et six autres présentant des témoignages en zoo, élevage avicole, animalerie commerciale, clinique et école vétérinaires, élevage bovin. Si les risques directement liés aux animaux (morsures, griffures, coups, encornages, zoonoses, etc.) sont manifestes, l'accent est mis sur les autres risques associés à ces activités, les auteurs rappelant que, dans le cas des élevages bovins, plus de 40 % des accidents mortels ne sont pas dus à un animal. Les risques sont classés selon qu'ils sont physiques (risques de morsures et griffures lors de la manipulation et la contention, troubles musculo-squelettiques en raison du port de charges lourdes), biologiques (zoonoses), chimiques (mésusage de médicaments) ou psychosociaux (surcharge de travail, pression sociétale dévalorisant ces métiers).

Source : Travail et sécurité

Résidus de médicaments vétérinaires dans les eaux bretonnes destinées à la consommation

Peu d'études ont été conduites sur la présence de résidus de médicaments dans les eaux destinées à la consommation humaine (EDCH) : il s'agit pourtant d'un problème de sécurité sanitaire, en particulier avec les résidus de médicaments vétérinaires (RMV). Dans le cadre de l'étude « EXPO-VETO », menée par différents organismes publics, une investigation a été menée en Bretagne durant trois années. Première zone française d'élevage, 75 % des EDCH de cette région proviennent d'eaux de surface polluées par lixiviation (entraînement de polluants par l’eau qui circule dans les sols) ou ruissellement (pâturage, épandage de lisier, etc.).

De mars 2017 à juin 2018, 199 échantillons ont été prélevés sur 25 captages (23 en eaux de surface, 2 en eaux souterraines), 105 en amont des usines de potabilisation (« eau brute ») et 94 en aval (« eau traitée »). Ces prélèvements ont été réalisés à différents moments de l'année pour tenir compte de variations telles que les hautes eaux et les étiages des cours d'eau, les périodes d'épandage. 40 résidus de médicaments ou de leurs produits de dégradation ont été recherchés à partir d'une liste établie par le Programme régional santé et environnement (PRSE), comportant 23 antibiotiques, 13 antiparasitaires et anticoccidiens, et 4 anti-inflammatoires.

18 RMV sur les 40 recherchés ont été retrouvés dans 32 % des échantillons d'eau brute, 8 à usage exclusivement vétérinaire, 10 à usage mixte (médecine humaine et vétérinaire). Aucun résidu n'a été identifié dans 7 captages sur 25, les autres comportant entre 1 et 9 résidus (figure ci-dessous). Les concentrations en RMV varient de 5 ng/L (limite de détection) à 2 946 ng/L. Par ailleurs, un maximum d'échantillons collectés en période d'épandage étaient pollués.

Répartition des captages en fonction du nombre cumulé de résidus de médicaments vétérinaires (RMV) dans les échantillons d'eaux brutes

Source : PRSE Bretagne

12 RMV ont été retrouvés dans 20 % des échantillons d'eau traitée, 10 à usage exclusivement vétérinaire et 2 à usage mixte. Seuls les échantillons correspondant à 9 captages n'en comportaient pas. Les concentrations en résidus étaient toutes inférieures à 40 ng/L, sauf pour le florfénicol dans deux cas (159 et 211 ng/L) et ce, même avec les procédés de traitement les plus avancés. Cependant, les auteurs rappellent que les études de l'Anses montrent une innocuité de cet antibiotique à ces concentrations.

Répartition des captages en fonction du nombre cumulé de RMV quantifiés dans les échantillons d'eaux traitées

Source : PRSE Bretagne

Franck Bourdy, Centre d'études et de prospective

Source : PRSE Bretagne

Insectes invasifs sur les ligneux en Chine et en Europe : des propagations très différentes

Une équipe de chercheurs du Sino-French joint laboratory for invasive forest pests in Eurasia (INRAE - université de Pékin pour la forêt) a comparé, dans une étude récente, les propagations d'insectes invasifs associés à des plantes ligneuses (peuplements forestiers, plantes ornementales, arbres fruitiers, arbustes), en Europe et en Chine. Les auteurs mettent en évidence une forte asymétrie dans les situations de ces deux zones : i) le nombre de ces espèces invasives en Europe est nettement plus élevé qu'en Chine ; ii) les insectes invasifs en Europe proviennent à près de 23 % de Chine, tandis qu'en Chine ils ne sont qu'à 9 % d'origine européenne (contre 40 % du reste de l'Asie) ; iii) la diversité de plantes-hôtes colonisées par ces insectes invasifs est nettement plus importante en Chine, sans doute parce que s'y trouvent plus de plantes taxonomiquement proches des plantes-hôtes naturelles des insectes invasifs.

Comparaison de l'évolution, depuis le début du XIXe siècle, du nombre cumulé d'espèces invasives en Europe et en Chine

Source : Frontiers in Forests and global Change

Source : Frontiers in Forests and Global Change

À niveau égal de revenu et de formation, les agriculteurs et les forestiers américains ont un état de santé équivalent à celui des autres actifs

À partir de données de santé sur la population des États-Unis, un chercheur de l'université de Pennsylvanie a montré que travailler dans les secteurs agricoles ou forestiers n'était pas corrélé avec un état de santé dégradé par rapport au reste de la population. Utilisant les résultats 2008-2017 de l'enquête annuelle nationale, par entretien, menée auprès d'un échantillon de 87 500 personnes représentatif de la population, l'auteur a isolé les répondants déclarant avoir récemment travaillé dans les secteurs agricoles, forestiers ou miniers. Il a ensuite étudié l'impact éventuel, sur la santé, d'une activité professionnelle au contact de la nature et des ressources naturelles. Si les actifs agricoles et forestiers sont en moins bonne santé que les autres travailleurs, cette différence (faible) est plutôt liée au fait qu'ils sont en moyenne moins bien formés et ont des revenus plus limités.

Source : Journal of Agromedicine

Un nouveau MOOC sur les virus émergents et ré-émergents

Depuis le 17 février, l’Institut Pasteur propose un MOOC (massive open online course) sur les virus émergents et ré-émergents, disponible jusqu'au 30 avril sur la plateforme France Université Numérique (FUN). Dispensé en anglais et en français, il fait partie du diplôme numérique des maladies infectieuses de l’Institut comprenant 15 MOOC.

D’une durée de 7 semaines, ce cours décrit les mécanismes moléculaires conduisant à l’émergence ou la ré-émergence d’un virus, les conditions favorisant celles-ci, l’épidémiologie et la modélisation des maladies virales, la détection, la prise en charge et le contrôle de l’infection, ainsi que la prévention et les traitements possibles. La notion de santé globale (One Health) est commune à l’ensemble des vidéos proposées. Ainsi, dès la première, A. Osterhaus (Centre de recherche sur les infections émergentes et les zoonoses de Hanovre, Directeur du programme sur les coronavirus au Global Virus Network) explique comment la récente épidémie du MERS (Middle East Respiratory Syndrom) est d’origine animale (dromadaire dans ce cas). Autre illustration, les chercheurs s’inspirent d’un vaccin destiné à prévenir une maladie animale pour en élaborer un à destination de l’homme.

Source : plateforme FUN

La chlordécone pourrait se dégrader naturellement dans les sols

Utilisée jusqu'en 1993 dans les bananeraies antillaises, la chlordécone est une substance active insecticide persistante, cancérogène probable et perturbateur endocrinien avéré. Des chercheurs du CNRS et du CEA ont mis en évidence un processus de dégradation naturelle de cette molécule dans le sol, probablement sous l'action de bactéries, en différents sous-produits. Leur toxicité et leur potentiel de contamination des aliments restent encore à étudier, afin de juger des conséquences environnementales et sanitaires de cette transformation.

Source : Pour la Science

Pesticides. Comment ignorer ce que l'on sait, Jean-Noël Jouzel

J.-N. Jouzel (sociologue, CNRS) examine, dans cet ouvrage, les controverses autour de la « science réglementaire » qui fonde les autorisations de mise sur le marché des pesticides. Il compare deux séquences d'élaboration, de mise en cause et de réajustement des expertises sur les risques associés aux produits phytosanitaires : aux États-Unis dans les années 1950 à 1980 ; en France, des années 1990 à aujourd'hui.

La première partie évoque la naissance, dans l'Amérique du milieu du XXe siècle, d'une « hygiène agricole » issue de la collaboration de toxicologues et d'entomologistes soucieux de concilier modernisation et sécurité sanitaire. Des protocoles expérimentaux, quantifiant les niveaux de contamination, mettent en évidence l'importance de la peau comme voie d'absorption. Le respect de « bonnes pratiques », notamment le port de vêtements « adaptés », est alors censé garantir la sécurité des travailleurs. Cette approche est contestée dans les années 1960 par des chercheurs issus de l'hygiène industrielle, en lien avec des problèmes de rentrée dans les parcelles après traitement pour les saisonniers chargés de la récolte. En réponse, les agences d'évaluation, nouvellement créées, stabilisent durant la décennie suivante des « lignes directrices ». Celles-ci reconduisent les postulats individualistes des politiques de prévention et, privilégiant la modélisation, donnent corps à la « science réglementaire ».

En France, au contraire, malgré une modernisation rapide de l'agriculture, les risques liés aux pesticides restent peu questionnés avant les années 1990. La deuxième partie du livre rappelle le rôle moteur de la construction européenne et de la libéralisation du commerce, dans l'importation des outils d'évaluation américains. Elle chronique les relations houleuses entre toxicologues chargés de l'évaluation des risques et épidémiologistes universitaires. Selon l'auteur, la production de connaissances, dans le cadre de la « science réglementaire », a eu pour contrepartie une tendance à minorer, voire écarter, les « données dérangeantes », indiquant une sur-incidence des maladies chroniques chez les travailleurs agricoles. Une nouvelle phase de normalisation des équipements de protection individuels (EPI), aiguillonnée par des données épidémiologiques qui soulevaient un problème de perméation des produits en mélange, l'amène à questionner « la croyance des institutions dans le possible usage contrôlé des pesticides », tout en montrant les « bonnes raisons » de sa permanence dans le temps.

Florent Bidaud, Centre d'études et de prospective

Lien : Presses de Sciences Po