Gwenaël Vourc'h, François Moutou, Serge Morand, Elsa Jourdain, Les zoonoses. Ces maladies qui nous lient aux animaux, Éditions Quæ, 2021, 172 pages

Ce livre, écrit par quatre chercheurs d'institutions différentes, vient à point nommé en ces temps de pandémie de Covid-19, exemple emblématique de zoonose. Une de ses qualités est de répondre simplement à des questions clefs : qu'est-ce qu'une zoonose ? Qui nous transmet quoi et comment ? Comment s'en prémunir, vivre avec et que faire maintenant ? Le rôle de l'humain dans leur développement récent, en lien avec ce qu'il est convenu d'appeler « l'Anthropocène », est mis en évidence. En effet, les risques d'émergence (ou de ré-émergence) des zoonoses ont partie liée avec les relations entre humains et écosystèmes malmenés. Le rapprochement de la faune sauvage et des hommes, du fait de la déforestation, facilite par exemple la transmission de maladies. Par ailleurs, dans les cas de transmission secondaire entre humains, une pandémie peut ensuite se développer, favorisée par la mondialisation et le développement des mobilités qui l’accompagne. Pour autant, loin d'un pessimisme collapsologique, les auteurs estiment que les capacités qui ont rendu l'humain « maître de la nature » peuvent aussi lui permettre de ralentir cette émergence ou tout au moins d'y faire face.

Source : Éditions Quæ

Les écosystèmes anthropisés sont plus riches en espèces hôtes de pathogènes que les écosystèmes naturels

Un article paru en août dans la revue Nature s'intéresse à l'anthropisation des écosystèmes et à ses effets potentiels sur les espèces hôtes de pathogènes et sur le risque associé de zoonoses. Les êtres humains ont modifié plus de 50 % des terres habitables. Cette transformation des forêts, prairies et déserts en zones urbaines et en terres agricoles a causé le déclin de nombreuses espèces spécialistes (ex. : rhinocéros). Les espèces généralistes (comme les rats) ont, en revanche, pu prospérer dans ces nouveaux habitats. Des chercheurs des universités de Londres et d'Oxford se sont donc demandé si les espèces les plus à même d'abriter des pathogènes (« espèces hôtes ») faisaient partie de la première ou de la seconde catégorie.

Pour répondre à cette question, les auteurs ont utilisé les données de 6 800 assemblages écologiques issues de la base globale PREDICTS, qui compile les éléments concernant environ 3,2 millions d'espèces observées dans plus de 660 études. Ils ont identifié 376 espèces hôtes, étudiées dans 184 travaux portant sur 6 continents (figure ci-dessous). Ils ont ensuite assigné à chaque site une catégorie d'usage des terres (végétation primaire, secondaire, écosystèmes gérés - plantations forestières, prairies, cultures et aires urbaines) et une intensité de cet usage (minimal ou substantiel). Ils en comparent alors les effets sur les espèces hôtes et non-hôtes.

Localisation des études analysées et distribution taxonomique des espèces hôtes de pathogènes

Source : Nature

Lecture : les points sur la carte montrent la localisation des assemblages écologiques étudiés, avec ceux ciblant les mammifères en noir et les autres en rouge. Les pays en bleu sont ceux pour lesquels au moins une étude a été conduite. Le graphique représente la distribution taxonomique (invertébrés, oiseaux, mammifères, reptiles/amphibiens) des espèces hôtes de pathogènes.

Leurs résultats montrent que la richesse et l'abondance des espèces hôtes sont supérieures dans les habitats anthropisés par rapport aux écosystèmes primaires. Ces constats s'inversent pour les espèces non-hôtes (figure ci-dessous). En conséquence, les espèces hôtes représentent une proportion plus importante de la diversité spécifique (+ 18 à 72 %) et de l'abondance totale (+ 21 à 144 %) dans ces milieux. L'amplitude de ce résultat, qui varie selon les taxons, est particulièrement forte pour les rongeurs, les chauve-souris et les passereaux hôtes. Enfin, les auteurs montrent que les espèces de mammifères abritant le plus de pathogènes sont plus présentes dans les écosystèmes gérés par l'homme. Ils suggèrent donc que la restauration des habitats dégradés et la protection des zones naturelles pourraient bénéficier à la fois à l'environnement et à la santé publique.

Liens entre l'utilisation des terres, et la richesse et l'abondance des espèces hôtes de pathogènes

Source : Nature

Lecture : a) richesse spécifique (nombre d'espèces), b) abondance totale (nombre d'individus), c) part des espèces hôtes dans la richesse spécifique et d) part des espèces hôtes dans l'abondance totale. Espèces hôtes en rouge, espèces non-hôtes en vert, usage minimal des terres représenté par des points, usage substantiel par des triangles.

Estelle Midler, Centre d'études et de prospective

Source : Nature

Les sentinelles des pandémies, Frédéric Keck

Paru en juin 2020, à la suite d'une première version en anglais publiée six mois plus tôt, l'ouvrage Les sentinelles des pandémies s’inscrit dans les travaux sur la biosécurité, dont l'objet est la préparation aux pandémies : cette technique de gestion des crises sanitaires, alternative à la prévention (abattage) et à la précaution (vaccination), repose sur la surveillance du vivant et la détection de signaux d’alerte précoces.

Frédéric Keck, directeur du Laboratoire d'anthropologie sociale (Collège de France, CNRS, EHESS), place au cœur de son étude la surveillance des maladies animales et les manières dont elles transforment les pratiques de contrôle, par les autorités vétérinaires, du travail agricole (voir à ce sujet un précédent billet), ainsi que les relations entre oiseaux et humains. Le travail de terrain, conduit à Hong-Kong, Singapour et Taïwan, a une portée générale. Parce qu'elle concentre des facteurs de développement des zoonoses (urbanisation massive, élevage industriel, conséquences du changement climatique), la Chine du Sud est un laboratoire des périls et solutions susceptibles de concerner une large partie du monde.

L'auteur propose une définition de la « préparation aviaire » : celle-ci vise à anticiper une prochaine crise en détectant, en temps réel, les signaux d’alerte émis par les oiseaux et en suivant les mutations du pathogène entre les espèces. Elle se fonde sur des collaborations entre microbiologistes, éleveurs, vétérinaires et ornithologues, observées par F. Keck au sein d’exploitations agricoles, lors d'expériences en laboratoire ou à travers des dispositifs de surveillance des oiseaux sauvages.

Des vétérinaires prélèvent des volailles à la recherche du virus de la grippe aviaire dans la région du Fujian, 2006

Source : éditions Zones sensibles. Crédit : Vincent Martin

L'auteur décrit les modalités d'introduction de « poulets sentinelles » (shaobingji, littéralement « poulet soldat siffleur ») dans des unités d'élevage vaccinées. Il détaille aussi la surveillance des interactions entre ces animaux, pour vérifier l’immunité des animaux vaccinés et le caractère sain des poulets sentinelles. Du côté des laboratoires, les microbiologistes analysent le comportement des cellules dentritiques aviaires, agents de signalisation des anomalies survenant entre l’organisme et un corps étranger. Enfin, la pose d'un GPS sur les oiseaux permet de documenter le comportement d'espèces sauvages susceptibles de se rapprocher des animaux de rente. Cet ouvrage trouve un écho dans les défis liés au décloisonnement des santés animale et humaine, qui accompagnent la gestion des coronavirus.

Nathalie Kakpo, Centre d’études et de prospective

Lien : Éditions Zones sensibles

Prévenir une prochaine pandémie en bloquant les zoonoses

Considérant que la pandémie de Covid-19 est d'origine zoonotique, comme 75 % des maladies émergentes, le Programme des Nations unies pour l'environnement (PNUE) et l'Institut international de recherche sur l'élevage (International Livestock Research Institute, ILRI) ont publié en juillet 2020 un rapport incitant à prévenir un prochain épisode, en brisant la chaîne de transmission (figure ci-dessous) selon une approche One Health (« une seule santé »).

Le rapport liste sept facteurs anthropiques concourant au développement d'une pandémie d'origine zoonotique. Parmi ceux-ci, la demande croissante de protéines d'origine animale, en particulier en Asie, a entraîné en 50 ans une augmentation considérable des productions mondiales de viande (+ 260 %), de lait (+ 90 %) et d’œufs (+ 340 %), avec pour conséquence leurs intensification et industrialisation. Le commerce et le transport de produits ou d'animaux vivants, qui en découlent, accroissent les contacts avec les humains, ainsi que la dissémination de maladies potentiellement non détectées sur des bêtes importées, en raison d'une durée du transport inférieure à la période d'incubation. De plus, l'urbanisation, les changements d'utilisation des terres, les industries d'extraction et certains impacts du changement climatique favorisent aussi les zoonoses. C'est par exemple le cas du développement des zones d'irrigation, propices aux vecteurs de maladies.

Transmission et contrôle d'une zoonose

Source : UNEP

Lecture : A : la transmission d'une infection et son amplification dans la population humaine (en rouge) arrivent après qu'un agent pathogène provenant de la faune sauvage (en rose) ait contaminé une espèce domestique (en vert clair), qui amplifie la capacité de cet agent à se transmettre à l'homme. B : une détection précoce et le contrôle d'une maladie animale réduisent l'incidence de cette zoonose chez l'humain (en bleu clair) et chez les animaux domestiques (en vert). Les flèches montrent les contaminations interespèces.

Pour enrayer le développement des zoonoses, le PNUE et l'ILRI formulent dix recommandations. Ainsi, les modalités d'apparition et de prévention de ces maladies doivent être mieux étudiées, de manière interdisciplinaire : sciences de la santé, sociologie, économie, etc. Les analyses coût-bénéfice sont aussi à mobiliser, pour démontrer l'intérêt de la prévention par rapport à la réaction après crise. La régulation des zoonoses et les politiques publiques du type « de la fourche à la fourchette », favorables à la biodiversité, doivent être développées. Les mesures de biosécurité devraient également être systématisées, avec une incitation financière en direction des « pays en voie de développement ». Une co-existence des zones agricoles et des zones sauvages est, en outre, à rechercher. Enfin, une approche globale de type One Health et une gouvernance tripartite Organisation mondiale de la santé (OMS), Organisation des Nations unies pour l'agriculture et l'alimentation (FAO) et Organisation mondiale de la santé animale (OIE) permettraient de combiner la dimension environnementale, la santé humaine et la santé animale.

Franck Bourdy, Centre d'études et de prospective

Source : UNEP

« Les visages de la pandémie » : dossier de La vie des idées

Depuis le 12 mars 2020, le site La vie des idées explore les différentes facettes des phénomènes épidémiques grâce à un ensemble de textes, régulièrement enrichi, combinant essais, entretiens et recensions d'ouvrages. Parmi ces contributions éclairantes, notamment sur la pandémie actuelle, plusieurs textes traitent des relations entre humains et animaux. Rappelant que « la vie fonctionne en réseaux, en interrelations » (symbioses, parasitismes, etc.), F. Moutou présente, de façon synthétique, trois voies de transmission des zoonoses : par contact et voisinage (ex. : rougeole), par voie orale et l'alimentation (ex. : ESB), via les vecteurs hémophages (ex. : fièvre jaune). De leur côté, F. et A. Laugrand portent un regard anthropologique sur les chauves-souris, à partir de recherches menées aux Philippines. Ils soulignent comment la proximité avec ces animaux conditionne leur perception et joue sur la sensibilité humaine aux pathogènes dont ils peuvent être des réservoirs. M. Quet, quant à lui, s'intéresse au pangolin, « pris au piège de la marchandisation de la nature » et exposé, pour des usages alimentaires et médicaux, à diverses menaces (braconnage, dégradation de son habitat, etc.).

D'autres contributions apportent des éclairages sur les conséquences de la pandémie pour les populations. La première dresse un portrait de Wuhan, ville mondialisée, et « relate les expériences de confinement racontées par ses habitants ordinaires » : réorganisation de la vie quotidienne, prépondérance du numérique, par exemple pour les courses alimentaires, etc. La deuxième est consacrée à l'Inde et en particulier aux implications du confinement pour l'alimentation des plus défavorisés. Les auteurs rappellent que la part du budget consacrée à la nourriture est, en moyenne, de 43 % pour les ménages urbains, contre 53 % pour les ménages ruraux (et 61 % pour les 5 % les plus pauvres). La crise a alors deux conséquences : une perte de sources de revenus (souvent basées sur des emplois informels) ; un risque d'interruption de la chaîne alimentaire (difficultés d'ouvertures de magasins, de mobilité des travailleurs agricoles, etc.).

Pour finir, on peut signaler plusieurs recensions d'ouvrages : La grande grippe de 1918 (F. Vinet), Un monde grippé (F. Keck), Tempêtes microbiennes (P. Zylberman), etc.

Julia Gassie, Centre d'études et de prospective

Source : La vie des idées

Certaines espèces sauvages contribuent à la diminution de maladies zoonotiques vectorielles

Un article publié dans les Proceedings of the Royal Society s'intéresse au rôle des prédateurs dans le risque de maladie transmise par les tiques. En effet, les prédateurs peuvent théoriquement réduire la densité des nymphes infectées avec différents agents pathogènes, diminuant ainsi ce risque. L'étude a porté sur 20 parcelles forestières aux Pays-Bas. Les résultats montrent que la charge larvaire sur deux espèces de rongeurs diminue en présence de deux espèces prédatrices, ce qui traduit la capacité de ces dernières à réduire le nombre de tiques alimentées par des hôtes-réservoirs. Ceci suggère que les populations de prédateurs ont des effets en cascade sur le risque de maladie transmise par les tiques. Ce phénomène avait déjà été signalé par une étude de 2012, qui établissait un parallèle entre l’augmentation des populations de cerfs et la recrudescence de cas de maladie de Lyme aux États-Unis.

Source : Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences

Des modèles de prédiction des maladies zoonotiques des mammifères

Pouvoir anticiper les maladies zoonotiques est un défi scientifique prioritaire, c'est pourquoi une équipe de chercheurs américains (University of Georgia et Cary Institute of Ecosytem Studies) a entrepris une étude sur le lien épidémiologique entre les maladies infectieuses humaines et la présence de certains mammifères. Un article publié en juin dernier dans la revue Trends in Parasitology présente de premiers résultats, issus en particulier de revues de littérature et de comparaisons de données existantes sur les espèces mammifères hôtes.

Cet article propose en particulier une carte présentant la répartition géographique de différents types de mammifères reconnus comme porteurs d'un ou plusieurs agents zoonotiques. Cette carte comporte des données sur 27 ordres de mammifères terrestres, parmi lesquels les chauves-souris, les camélidés, le bétail dont les produits sont destinés à la consommation humaine et plus de 2 000 espèces de rongeurs. Elle permet d'identifier des zones avec une plus ou moins grande diversité d'hôtes.

Les points sensibles à l'échelon mondial des zoonoses groupées par type de mammifères

Source : Trends in Parasitology

Les chercheurs estiment que ce type de modèle est encore sous-étudié et que des éléments complémentaires pourront être avancés pour permettre une certaine anticipation des maladies.

Il apparaît déjà, selon Barbara Han, premier auteure de l'article, que les points les plus denses au niveau zoonotique ne se superposent pas forcément aux zones les plus riches au niveau de la biodiversité. Elle précise que bien qu'il y ait une plus grande biodiversité dans les zones tropicales, avec abondance de pathogènes et parasites zoonotiques, plus de zoonoses ont été constatées dans les zones tempérées où elles peuvent atteindre de plus nombreuses espèces. Enfin, bien que les mammifères comportent dix fois moins d'espèces que les rongeurs, ils sont à l'origine d'autant de zoonoses. Selon l'étude, la moitié des 287 espèces de mammifères peut être porteuse de germes zoonotiques. Le suivi régulier de la distribution mondiale des mammifères est de ce fait un enjeu dont dépendra la capacité de prévoir où émergera la prochaine zoonose.

Madeleine Lesage, Centre d'études et de prospective

Source : Trends in Parasitology