Les combinaisons de phages comme alternative aux pesticides

Une équipe internationale de chercheurs a démontré l'intérêt d'utiliser des combinaisons de phages pour lutter contre des bactéries attaquant des productions végétales. Les résultats de ces travaux, menés sur Ralstonia solanacearum, à l'origine du flétrissement bactérien des plans de tomates notamment, ont été publiés en décembre dans Nature Biotechnology. Si les propriétés des phages sont connues depuis le début du XXe siècle, ils ne font que récemment l'objet de travaux de recherche en santé humaine (alternative aux traitements antibiotiques), plus rarement en santé des végétaux (alternative aux pesticides). Dans les deux cas, le défi est d'éviter le développement de résistances.

Afin de réduire ce risque, les auteurs ont utilisé des combinaisons de souches de phages très proches génétiquement, qui ont ralenti et limité le développement des résistances des bactéries à ces virus. Les résultats, obtenus lors d'essais en plein champ et sous serre, ont également mis en évidence le bénéfice d'un traitement par phage au microbiome de la rhizosphère. En effet, en diminuant la charge bactérienne pathogène ciblée, les mécanismes d'auto-défense des plantes ont été renforcés : amélioration des conditions pour les bactéries favorables à la plante et renforcement de leur capacité à concurrencer les autres pathogènes. Ces travaux pourraient à terme déboucher sur des solutions commerciales.

Source : Nature Biotechnology

Modélisation de l'infection d'un pays européen par le virus de la peste porcine africaine

Si la peste porcine africaine (PPA) sévit fortement en Chine, l'Union européenne (UE) est également une zone où cette épizootie persiste, avec des risques sanitaires et économiques majeurs. Des chercheurs ont publié récemment, dans Frontiers in Veterinary Science, une proposition de modèle permettant de gérer le risque, en se focalisant sur des zones de petite dimension où les moyens de prévention pourraient être déployés de façon plus efficiente.

Pour cela, ils ont divisé l'UE en carrés de 100 km² et ont calculé pour chaque zone, à partir des données de 2018 (cas de PPA dans les zones voisines, flux de porcs, de sangliers et de produits issus de ces animaux), la probabilité de survenue d'un cas de PPA en 2019. Ils prennent en compte trois modes de contagion possibles : circulation légale de porcs domestiques, mouvements des sangliers, commerce de produits d'origine porcine.

La double originalité de leur démarche est d'associer les trois modes de contagion à petite échelle, la plupart des modèles actuels ne prenant en compte que l'un des trois et à des échelles supérieures (État membre ou région administrative). Sans surprise, les zones les plus à risque se situent en Europe de l'Est et dans les États baltes, en Allemagne, dans le Benelux et le nord de la France. Étonnamment, l'Italie présente un fort risque lié à la commercialisation de viande porcine, en particulier en Sardaigne.

Risques d'émergence d'un cas de PPA dans l'Union européenne en 2019

Source : Frontiers in Veterinary Science

Lecture : la figure A représente le risque d'émergence d'un cas de PPA chez un sanglier, par contagion auprès d'un autre sanglier ou par un produit porcin. La figure B représente le risque d'émergence d'un cas de PPA chez un porc domestique, par contagion lié au transport d'un porc, par contact avec un sanglier ou par commercialisation d'un produit d'origine porcine.

Source : Frontiers in Veterinary Science

Des données sur les produits phytosanitaires à l'échelle départementale

L'Office français de la biodiversité a mis en janvier 2020 à disposition, en ligne, des données sur les produits phytosanitaires. L'outil de visualisation de cette base de données (Dataviz) permet d'extraire les données d'achat les plus récentes à l'échelle du code postal (pour la période 2015-2018), et de retracer l'évolution des ventes par département sur la période 2008-2018. Il est également possible de connaître les substances actives phytopharmaceutiques les plus vendues, les tonnages de substances achetées rapportés à l'hectare, ainsi que l'état des ventes des substances dangereuses pour l'environnement et de celles dangereuses pour la santé humaine.

Capture d'écran de l'outil Dataviz de visualisation des données de vente et d'achat de produits phytosanitaires en France

Source : Office français de la biodiversité

Source : Office français de la biodiversité

Pour un partenariat en santé globale au Sud

Le Cirad a publié en décembre 2019 un policy paper proposant un renforcement du dialogue en santé globale (One Health). Les auteurs considèrent que, face à l’augmentation des crises sanitaires en médecine humaine ou animale, l'association des différentes organisations publiques, privées et associatives est une obligation pour prendre des mesures efficaces. Ils s'appuient sur l'expérience du Cirad et de la création, depuis 2009, de 22 dispositifs de recherche et d'enseignement en partenariat. Ancrés sur un territoire, en lien avec les acteurs politiques, économiques et associatifs locaux, ils permettent une collaboration entre organismes de recherche et d'enseignement privés et publics. Les auteurs donnent quatre exemples de dispositifs travaillant en santé globale dans l'hémisphère sud : le Réseau caribéen de santé animale, le réseau Risques émergents en Asie du Sud-Est, le Réseau régional One Health de l'Océan Indien, et le réseau Produire et conserver en partenariat en Afrique australe.

Associer et former les acteurs politiques et économiques locaux permet d'envisager une meilleure implication de leur part dans la recherche et donc une plus grande efficacité dans la lutte contre les crises. Pour les auteurs, il serait bénéfique d'élargir ces liens entre réseaux régionaux à l'échelle mondiale, en commençant par des relations Sud-Sud.

Source : Cirad

EVA RISKSUR : un logiciel pour l'évaluation intégrée des systèmes de surveillance

La revue Preventive Veterinary Medicine a publié un article sur EVA, une approche intégrée pour l'évaluation des systèmes de surveillance de la santé animale. Ce logiciel est le résultat d'un projet, initié en novembre 2012 par l'unité de recherche ASTRE (animal, santé, territoire, risques, écosystèmes). Il est fondé sur plusieurs critères, parmi lesquels l’accessibilité, la flexibilité et la simplicité. Les aspects économiques sont notamment mis en exergue, à la suite d'une étude dans 7 pays européens démontrant leur importance. L'outil a été testé dans cinq États membres, sur cinq maladies animales : pestes porcines classique et africaine, diarrhée virale bovine, grippe aviaire et salmonellose à Salmonella Dublin. À long terme, l'outil EVA devrait accroître la capacité d'évaluation professionnelle et aider à optimiser l'efficacité du système de surveillance de la santé animale, ainsi que l'allocation des ressources, pour les acteurs publics et privés concernés.

Source : Preventive Veterinary Medicine

Présence d'antibiotiques dans le bassin hydrologique del Plata (Argentine)

Un article publié dans le numéro de décembre 2019 d'Environment International est consacré à la pollution du bassin hydrologique del Plata (le deuxième plus grand d'Amérique du Sud), par des antibiotiques utilisés dans les élevages intensifs bovin (feedlots) et avicole. L'étude, du Centro de Investigacion del Medioambiente (Universidad Nacional de La Plata / CONICET), porte sur trois molécules (monesin, lasalocide, salinomycine), utilisées comme facteurs de croissance accélérée et non pour le traitement de maladies. L'ingestion systématique par les animaux, via leur alimentation, dépasse leurs besoins physiologiques et se traduit par des rejets : jusqu'à 90 % de ces antibiotiques risquent ainsi de se retrouver dans l'environnement en tant que résidus. Le monesin est le plus fréquemment détecté et, quand il est en association avec la salinomycine, sa concentration est environ 70 fois supérieure dans la zone d'étude que dans d'autres cours d'eau de la région. Selon les auteurs, la situation est d'autant plus préoccupante qu'il n'existe pas de cadre législatif national concernant les niveaux de concentration des antibiotiques dans l'eau, ce qui complique la mise en place de politiques publiques.

Sites et fleuves étudiés

Source : Environment International

Lecture :

- pour les sites : AP :Alto Parana, GUA : Gualeguay, PAR : Parana, URU : Uruguay, BA : Saladillo, WL : marécages ;

- pour les fleuves : I : Paraná, II : Uruguay, III : Gualeguay, IV : De La Plata, V  : Saladillo.

Source : Environment International

Objectif européen d'élimination de la rage des mammifères non volants en 2020 : état des lieux

Mise en ligne récemment, une thèse vétérinaire s'intéresse à l'objectif d'élimination de la rage des mammifères non volants, fixé à l'horizon 2020 par l'Union européenne. La rage reste une zoonose majeure dans le monde, avec environ 59 000 décès humains annuels, à 99 % d'origine canine. Cette thèse fait le point sur la situation dans les pays de l'UE et de sa périphérie, où elle est majoritairement d’origine vulpine (renards). La plupart sont actuellement reconnus « indemnes », au sens de l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE), plus ou moins récemment (ex. : depuis 1991 pour la Finlande, 2010 pour la France, 2016 pour la Slovénie, etc.). D'autres pays, insulaires (ex. : Chypre) ou protégés de la vague d'épizootie d’origine orientale du siècle dernier par les pays limitrophes (ex. : Danemark, Espagne, Portugal), n'ont jamais vu se déclarer de cas. Enfin, des cas récents de rage ont été identifiés en Hongrie, Lituanie, Pologne et Roumanie. Pour l'auteur, l'élimination prochaine de la rage dans l'UE est un objectif atteignable. Ce travail montre également que trois modes d'action sont mobilisés par les États : vaccination des animaux domestiques, limitation des divagations et proliférations de la faune sauvage, vaccination par voie orale des animaux sauvages. En outre, les accords conclus par l'Union avec des pays limitrophes, comportant une rage enzootique, permettent de lutter contre une éventuelle propagation (ex. : vaccination orale aux frontières). Ce type de partenariat est considéré avec intérêt par l'OMS, au regard de son objectif de disparition des cas de rage humaine à 2030.

Lien : École nationale vétérinaire d'Alfort

Bien-être animal et abattage du poulet

L'Agence européenne de sécurité sanitaire a publié, en novembre 2019, deux rapports concernant le bien-être animal lors de l'abattage en filière aviaire, l'un portant sur l'abattage à destination de consommation humaine, l’autre sur l'abattage pour d’autres objectifs, par exemple pour des raisons économiques et zootechniques (comme dans le cas des poussins mâles). L'évaluation porte sur l'ensemble du processus, du transport vers le site à la saignée finale. Les différentes méthodes, électriques, mécaniques et par atmosphère contrôlée, sont détaillées. L'Agence relève, tout au long du processus, 35 points critiques pour le bien-être animal. 29 sont liés à des erreurs de la part du personnel, dont 28 à cause d'un manque de formation ou de la fatigue. Il en résulte dix conséquences pour les animaux : stress thermique au chaud et au froid, faim et soif prolongées, restrictions dans les capacités de mouvement, douleur, peur, etc. D’autres rapports concernant les filières porcine et bovine sont prévus en 2020.

Source : Efsa, Efsa

Antibiorésistance en médecine vétérinaire

À l'occasion de la semaine de l'antibiorésistance, Santé Publique France, l'Anses et l'Agence nationale de sécurité du médicament ont publié leurs rapports annuels concernant la vente et la consommation des antibiotiques en médecines vétérinaire et humaine. En 2018 en France, 728 tonnes d'antibiotiques ont été consommées en médecine humaine et 471 en médecine vétérinaire (dont 95 % pour les animaux de rente et 5 % pour les animaux de compagnie). Dans le domaine vétérinaire, les ventes ont fortement diminué en volume (- 48 % par rapport à 2011), atteignant l'année dernière leur plus faible niveau depuis 1999.

Un bilan est également fait à partir des résultats de l'épidémiosurveillance des bactéries pathogènes animales, tout au long de la chaîne alimentaire. Retenons en particulier que la prévalence des bactéries E. Coli bêtalactamase à spectre élargi (BLSE, bactéries multirésistantes) dans la viande de poulet commercialisée est de 26 % en 2018, à comparer aux 62 % en 2016. La réduction de cette prévalence de 58,3 % depuis 2011 dépasse ainsi l'objectif fixé dans le plan Ecoantibio 2017-2021.

Sources : Anses, Anses, Anses

Bien-être animal et objectifs de développement durable

Le but de cet article, publié en octobre dans Frontiers in Veterinary Science, est de vérifier la compatibilité entre les Objectifs de développement durable (ODD) des Nations unies et le bien-être animal. Un groupe de 12 experts, provenant de 8 pays différents et ayant une forte expérience dans le domaine du bien-être animal et en agronomie ou médecine vétérinaire, a travaillé sur les relations entre ces deux thématiques. Un double score a été attribué pour chacun des 17 ODD, prenant en compte, d'une part, l'effet de l’atteinte d’un objectif donné sur l’augmentation du bien-être animal, et d'autre part, à l’inverse, la contribution de l’amélioration du bien-être animal à l’accomplissement de l’ODD. Dans les deux cas, une échelle de - 3 (effet très négatif) à + 3 (effet très positif) est utilisée, et tous les types d’animaux sont considérés (de rente, de compagnie, de laboratoire, faune sauvage).

Des scores attribués par les participants émerge un large consensus : ils n’ont trouvé aucune corrélation négative entre ODD et bien-être animal (figure ci-dessous). Cependant, sauf dans les cas des objectifs portant sur l'éradication de la pauvreté (n°1), la lutte contre la faim (n°2) et l'accès à la santé (n°3), les experts ont considéré que l’accomplissement de l’ODD améliorait de façon plus importante le bien-être animal que l’amélioration du bien-être animal ne permettait l’atteinte de l’objectif.

Corrélations entre les ODD et le bien-être animal

Source : Frontiers in Veterinary Science

Lecture : le bien-être animal participe à l’atteinte de l’ODD 2 (SDG 2 en anglais) avec un score proche de 2 (triangle vert). Ce même ODD permet une amélioration du bien-être animal avec un score proche de 1 (losange bleu).

Le double score du lien entre les deux items est le plus important pour l’objectif portant sur la consommation responsable (12), et les auteurs l'illustrent par trois éléments. L’utilisation raisonnée des antibiotiques suppose des bonnes conditions d’élevage (welfare) et réduit les risques d’antibiorésistance. Nourrir les ruminants avec des aliments non utilisés pour l’alimentation humaine diminue la concurrence entre ces deux types de consommation. Limiter la consommation de produits d’origine animale et augmenter le consentement à payer au « vrai prix » l’alimentation donnent la possibilité aux agriculteurs d’améliorer le bien-être animal et de réduire les conséquences négatives pour l’environnement.

Franck Bourdy, Centre d'études et de prospective

Source : Frontiers in Veterinary Science

Les entreprises agroalimentaires thaïlandaises participent à la prévention de la peste porcine africaine

D'après un article publié par la Nikkei Asian Review, pour tenter de préserver la Thaïlande de la peste porcine africaine, les trois principales entreprises agroalimentaires du pays ont décidé d'appuyer le gouvernement dans sa politique de prévention. Elles ont ainsi annoncé qu'elles apporteraient les fonds nécessaires à la mise en place de 50 points de contrôle sanitaire aux frontières, ainsi qu'à la création d'un fonds d'indemnisation des éleveurs.

Source : Nikkei Asian Review

Interroger le concept de « frontière » pour mieux se protéger contre les ravageurs des forêts

Dans une publication récente, une équipe de chercheurs britanniques se saisit du concept de « frontière » pour en étudier les implications dans la lutte contre les pathogènes forestiers. S'il est fréquemment utilisé dans le cadre des questions migratoires et des risques liés aux déplacements de populations, ce n'est pas le cas en matière de biosécurité et de transport des marchandises.

Cette approche innovante s'appuie sur l'analyse des pratiques et des discours des acteurs de la protection de la santé des arbres (État, ONG, entreprises, scientifiques, etc.), recueillis grâce à une trentaine d'entretiens semi-directifs et à des focus groups. Ceux-ci réunissaient des participants à des ateliers déjà impliqués dans une recherche pluridisciplinaire sur les nouvelles technologies pour la détection précoce des ravageurs et pathogènes.

L'analyse est centrée sur la Grande-Bretagne mais la notion de frontière, a priori facile à définir s'agissant d'une île, paraît plus complexe dès lors qu'il est question de matériel biologique et de ses modalités d'entrée et de dissémination. Les supports des pathogènes sont diversifiés (emballages en bois, bois transformés, plantes), tout comme leurs modes de transport (camions, porte-conteneurs, avions, voitures, etc.). Enfin, leur introduction sur le territoire peut se faire sous différentes formes, plus ou moins faciles à repérer : spores, œufs, larves, etc.

De ce fait, les acteurs interrogés placent la frontière, entendue comme point d'introduction et de contrôle, à différents niveaux et lieux en fonction des produits et des ravageurs, depuis les ports jusqu'aux pépinières. Les auteurs font dès lors émerger le concept de « frontière omniprésente » (everywhere), conduisant à adapter les modalités de lutte contre les introductions de ravageurs. Ils invitent également à renforcer les contrôles à l'origine.

Enfin, si la frontière est partout, la responsabilité de tous dans la prévention et la détection précoce est engagée. La santé de la nature étant un bien commun, les auteurs proposent d'adopter la notion de « frontière pour tous » (everyone) et de définir les rôles de chacun, inspecteurs, forestiers ou grand public, tout en pointant la nécessité d'un développement des savoirs. Ces travaux prennent un relief particulier dans le contexte du Brexit, les auteurs s'interrogeant sur l'arbitrage futur entre renforcement des frontières et libre-échange.

Muriel Mahé, Centre d'études et de prospective

Source : Forests

Tendances en antibiorésistance dans les « pays en voie de développement »

Un article publié récemment dans Science s'intéresse à l'évolution de l'antibiorésistance animale dans les « pays en voie de développement ». Depuis une vingtaine d'années, la demande en viande dans ces régions a fortement augmenté : + 68 % en Afrique, + 64 % en Asie, + 40 % en Amérique du Sud. Elle est associée à une utilisation accrue des antibiotiques en élevage, à hauteur de 73 % du total mondial, pour améliorer la croissance des animaux. Or, ce mode d'usage, reposant notamment sur des doses infra-thérapeutiques, contribue à l'augmentation de l’antibiorésistance. Les auteurs ont souhaité vérifier ce fait dans les pays en voie de développement. Pour ce faire, ils ont analysé 901 enquêtes publiées entre 2000 et 2018, confirmant une élévation très importante de l’antibiorésistance sur cette période.

Évolution du nombre de déclarations d’antibiorésistance, par continent, entre 2000 et 2018

Source : Science

Cette variation n’est pas répartie uniformément (carte ci-dessous) : des taux élevés d’antibiorésistance sont enregistrés dans le sud et le nord-est de l’Inde, le nord-est de la Chine, le nord du Pakistan, l’Iran, la Turquie, le sud de la côte brésilienne, l’Égypte, le delta du Fleuve Rouge au Vietnam, ainsi que dans les aires urbaines de Mexico et Johannesburg. Cette prévalence de l’antibiorésistance en Asie est corrélée au fait que ce continent rassemble 56 % du cheptel mondial de porcs et 54 % de celui de poulets.

Si l'évolution est générale, on note des variations selon les espèces : le taux de résistance passe, entre 2000 et 2018, de 15 à 41 % pour les poulets, de 13 à 34 % pour les porcs, et de 12 à 23 % pour le bétail. Les antibiotiques les plus concernés sont les tétracyclines, les sulfamides et les pénicillines.

Pour lutter contre cette tendance, les auteurs suggèrent une meilleure déclaration des cas d’antibiorésistance, comme cela se fait en Europe et en Amérique du Nord, une interdiction de l’utilisation en élevage de certains antibiotiques de haut intérêt en médecine humaine dans certains pays (Inde, Chine), et la création d’un fonds financier abondé par les pays développés pour effectuer des études.

Distribution géographique de l’antibiorésistance dans les pays en voie de développement

Source : Science

Lecture : part des analyses bactériologiques comportant plus de 50 % de résistance aux antimicrobiens.

Franck Bourdy, Centre d'études et de prospective

Source : Science

Pêche et bien-traitance animale : des expériences scientifiques d'étourdissement des poissons

En plus de poser la question de la bien-traitance animale, la mise à mort longue et douloureuse des poissons détériore la qualité de leur chair. Pour y remédier, les auteurs d'un article de septembre 2019, publié dans Plos One, ont comparé deux protocoles d'étourdissement : un lot de maquereaux a subi une première électrocution de 0,5 s, puis une deuxième de 4,5 s avant d'être immergés dans un bain de glace ; un autre lot a été soumis à un unique choc électrique de 5 s avant immersion. Pendant six minutes, la réponse musculaire des individus a été observée, toutes les minutes, pour tester l'efficacité de ces procédés.

Les protocoles testés provoquent tous deux une perte de conscience, effective à partir d'une électrocution de 0,5 s et sans interruption jusqu'à la mort des individus. Aucune trace de dommage interne (de la moelle épinière par exemple) et donc de détérioration de la qualité des poissons n'a été constatée suite à l'électrocution. Néanmoins, obtenir un procédé commercial d'étourdissement nécessiterait des travaux complémentaires pour généraliser le dispositif à l'ensemble des espèces capturées, en particulier celles de grande taille ne pouvant être facilement manipulées.

Schéma du dispositif d'électrocution

Source : Plos One

Source : Plos One

Le broyage des poussins mâles bientôt interdit en Suisse

Un article du 19 septembre 2019 du Matin faisait état d'avancées dans l'interdiction, en Suisse, du broyage des poussins mâles vivants de la filière « ponte » : l'ordonnance sur la protection des animaux est en cours d'adaptation, après avis de différentes instances, dont la Commission des sciences, de l'éducation et de la culture. Des considérations éthiques sont mises en avant sachant que, en pratique, le broyage est remplacé dans 97 % des cas par l'euthanasie gazeuse au CO2. Les autorités helvètes souhaitent de plus trouver des alternatives à l'élimination des poussins mâles : élevage de races aviaires mixtes, sexage des œufs, etc.

Sources : Le Matin, Swiss Info