Vers un réseau européen de surveillance de la résistance aux antibiotiques en médecine vétérinaire

La revue Frontiers in Microbiology a publié, en avril 2022, les résultats d’une étude conduite par un réseau de chercheurs européens provenant de diverses autorités publiques nationales compétentes en matière de surveillance de la résistance aux antibiotiques (AMR, Antimicrobial resistance). Cette étude avait été entreprise afin de développer un réseau européen de surveillance de l’AMR chez les animaux malades. La sollicitation d'experts des 27 États membres a d'abord permis d'identifier l'existence, au niveau national, d'un système de suivi de l’AMR chez les bactéries pathogènes des animaux (figure ci-dessous). Par la suite, une campagne d’entretiens a été réalisée dans les onze pays concernés et les différents systèmes ont été analysés puis comparés grâce à l’outil d’analyse SWOT (forces, faiblesses, opportunités, menaces).

Existence de systèmes de surveillance nationaux de l’AMR chez les animaux malades, à l’échelle européenne

Source : Frontiers in Microbiology

Lecture : en vert, les pays dotés d'un système de surveillance de l'AMR chez les bactéries pathogènes des animaux ; en rouge, les pays pour lesquels aucun système de surveillance n'existe ; en violet, les pays n'ayant pas fourni d'information.

Bien que les systèmes de surveillance nationaux répondent à des objectifs similaires, les auteurs soulignent la diversité de leurs financements et de leurs organisations. De plus, ces systèmes reposent souvent sur la transmission volontaire d'échantillons et peuvent être coordonnés par des structures indépendantes (universités par exemple).

Lorsqu’un système de surveillance national est en place, les experts interrogés ont mis en avant la flexibilité et la bonne collaboration des équipes en charge du suivi de l’AMR, chez les bactéries pathogènes des animaux et des humains. Cet atout pourrait encore être renforcé dans un contexte où l’approche One Health bénéficie aujourd’hui d’une plus grande visibilité. En revanche, la faible représentativité des données recueillies dans les différents pays, dans le cadre d’une surveillance passive (réception et analyse d’échantillons transmis spontanément par les vétérinaires de terrain), et l’absence de seuils quantitatifs fixés au niveau européen pour objectiver les interprétations des antibiogrammes, représentent des difficultés importantes pour les acteurs en charge de la surveillance de l’AMR chez les animaux. Malgré ces défis d’importance, les auteurs considèrent qu'une harmonisation des pratiques et l’amélioration de la qualité des données, comme cela a été le cas pour le développement du réseau équivalent en santé humaine (EARS-Net), devrait permettre de créer un réseau européen de surveillance de l’AMR liée aux usages vétérinaires (EARS-Vet). Il sera alors possible de mieux connaître les niveaux d’AMR chez les animaux et leur évolution.

Louise Dangy, Centre d’études et de prospective

Source : Frontiers in Microbiology

Place des animaux dans l'épidémie de variole du singe hors d'Afrique

Dans un récent article paru dans le Bulletin de l'Académie vétérinaire de France, une chercheuse de l’Anses s'interroge sur la responsabilité des animaux comme transmetteurs ou réservoirs, pour les cas de monkeypox apparus hors d'Afrique depuis le début de l'année. En effet, les réservoirs animaux de cette zoonose demeurent mal connus, en particulier le rôle des rongeurs. Hors d’Afrique, l’hypothèse d’animaux pouvant être infectés à partir d'humains (zoonose reverse) et devenir ainsi des réservoirs a été émise. Toutefois, en raison des modalités de transmission du virus, il semble très peu probable qu'un animal de compagnie – et a fortiori un animal sauvage – soit infecté de cette manière. En cas d'infection humaine, l'auteure recommande par précaution d'éviter tout contact avec un animal domestique ou sauvage (en particulier les chats, espèce très sensible à d’autres virus varioliques, ou les rongeurs), pendant au moins trois semaines après le début des symptômes.

Source : Bulletin de l’Académie vétérinaire de France

Évaluation des effets des VRTH sur la biodiversité

L’Inrae et l’Anses ont publié en mars 2022, dans la revue Weed Research, une évaluation comparant la diversité florale de 239 parcelles de tournesol, ensemencées par des variétés classiques ou rendues tolérantes aux herbicides (VRTH). Une moindre diversité des plantes adventices est observée à l’intérieur des champs avec VRTH : elle est imputable aux différences de pratiques agricoles (plus d’herbicides appliqués, moins de rotations de cultures, etc.). Aucune différence significative n’a cependant été relevée, durant les deux années d’observation, pour la biodiversité aux abords des parcelles.

Source : Inrae

Guide de la FAO pour la gestion des urgences en santé animale

L'Organisation des Nations unies pour l'alimentation et l’agriculture (FAO) a publié récemment la seconde édition française de son manuel de bonne gestion des urgences, qui vise à réduire les impacts d'une crise sanitaire animale. Il décrit pas à pas cette gestion, lors des quatre phases de l'amont à l'aval d'une crise : préparation, identification, réponse, reconstruction une fois l'urgence passée (figure ci-dessous).

Gestion d'une urgence zoosanitaire

Source : FAO

La phase la plus importante est celle dite en « temps de paix ». Il s'agit alors de planifier une suite logique d'actions à réaliser dès le début de la crise. Dans ce cadre, une analyse du risque est intéressante et un audit des systèmes vétérinaires de surveillance, et de réponse à l'urgence avérée, permet de mettre en évidence les faiblesses des modes de gestion. Ceux-ci peuvent être testés lors d'un exercice de simulation. La prévention est également fondamentale : par exemple, dans le cadre de l'influenza aviaire hautement pathogène, les mesures de biosécurité ont été renforcées, en particulier dans les zones touchées. Enfin, la détection des signaux faibles annonciateurs ou des premiers cas requiert des plans de surveillance efficaces.

La phase d'alerte est déclenchée lorsqu’une maladie est présente dans un pays voisin ou qu'un premier cas est suspecté sur le territoire. Elle nécessite une appréciation rapide du risque, voire la modélisation de scénarios. Les protections sont renforcées aux frontières ou contre la faune sauvage si celle-ci est impliquée dans la propagation. Les mesures programmées en « temps de paix » sont adaptées pour une mise en application rapide en cas de besoin. Un système d'alerte précoce (détection, signalement, communication d'un premier cas) est activé.

La phase d'urgence, lors de la multiplication des cas, vise à contenir puis éliminer l'agent pathogène rapidement. Suite à une analyse de la situation, les procédures planifiées à l'avance sont activées. Selon la maladie, une approche One Health (Une seule santé) peut être utilisée. Coordonnée nationalement, elle est mise en œuvre localement et l'échange d'informations entre les niveaux national et local, et entre les parties prenantes, est fondamental.

Enfin, en phase de reconstruction, les capacités de production sont rétablies et les plans d'urgence sont mis à jour à partir d’une analyse critique de la gestion de la crise.

Franck Bourdy, Centre d'études et de prospective

Source : FAO

Utilisation d'un escape game pour l'enseignement des maladies réglementées

L'enseignement des maladies réglementées occupe une place de choix dans la formation des futurs vétérinaires sanitaires. Une récente thèse de doctorat vétérinaire traite d'un escape game comme support pédagogique. En effet, cette formation demande à la fois des connaissances approfondies des maladies et de la législation correspondante, de leur mise en pratique rigoureuse, étape par étape, et des gestes techniques précis, difficilement appréhendés par les étudiants. L’utilisation d'un jeu sérieux (serious game) facilite la mémorisation de ces savoirs et savoir-faire. L'auteur décrit l'élaboration de cet escape game autour du cas pratique d'une suspicion de fièvre aphteuse dans un élevage de vaches laitières : des équipes de 5 étudiants doivent résoudre sur tablette des énigmes, suivant la démarche diagnostique grâce aux indications mentionnées dans une pièce fermée, symbolisant l'élevage suspect. In fine, 86 % des étudiants questionnés trouvent cette innovation pédagogique plus efficace que le format du « travail dirigé » traditionnel.

Source : VetAgroSup

Impacts socio-économiques de la peste porcine africaine aux Philippines

La peste porcine africaine (PPA) est apparue aux Philippines en juillet 2019, occasionnant une baisse de production de 9,8 % au dernier trimestre de la même année. Si les mesures sanitaires ont permis de limiter les conséquences de l'épizootie, leurs impacts sur la vie quotidienne des éleveurs, et plus largement des travailleurs de la filière porcine, ont été moins bien étudiés. Pour y remédier, une évaluation a été mise en place, en coopération avec l'Australie et le Timor oriental. Il était principalement basé sur des groupes de discussion, dans des zones rurales ayant subi la PPA. Il en ressort qu'aux Philippines les petits élevages sont nombreux, certains d'appoint, souvent familiaux, et que la perte d'animaux est économiquement très lourde. En outre, les produits des ventes servent souvent à payer les frais d'éducation des enfants. Enfin, ces petits propriétaires considèrent le porc comme un membre de la famille et son euthanasie provoque un choc émotionnel et des réactions d'hostilité envers le personnel sanitaire.

Source : Frontiers in Veterinary Science

Adaptation des plantes cultivées aux conditions extrêmes : enseignements tirés d'espèces de l'Atacama

Dans un article publié dans la revue New Phytologist, des chercheurs ont étudié les métabolites de 24 espèces de plantes du désert de l'Atacama, en Amérique du Sud. Ce milieu se caractérise par un fort stress abiotique, lié à d'intenses radiations solaires, des oscillations de température extrêmes, une forte salinité et une faible teneur en azote des sols. Leurs recherches montrent que ces plantes, indifféremment de l'espèce à laquelle elles appartiennent, utilisent un ensemble commun de molécules qui leur permet de résister aux conditions dans lesquelles elles évoluent. Ces 39 métabolites, que les chercheurs ont reliés à différents facteurs de stress environnemental, existent aussi dans les espèces cultivées. Ils pourraient constituer des pistes intéressantes pour l'adaptation de ces dernières à l'évolution des conditions climatiques.

Source : New Phytologist

Effets des alternatives aux pesticides « fondées sur la nature »

Un article de la revue Outlook on Agriculture, publié en février 2022, se penche sur les alternatives aux pesticides utilisées dans le cadre de l’agriculture biologique. Les résultats des méta-analyses mobilisées par les auteurs montrent que certaines associations de cultures sont favorables à l'élimination des parasites, des adventices et des maladies végétales (ex. pyriculariose du riz, rhizoctone brun). La combinaison du blé et de la féverole réduit ainsi de 33 % l’occurrence de maladies. L’association de variétés de riz permet, elle, une résistance aux maladies, quel que soit le niveau d'apports en azote, lesquels peuvent jouer sur les variétés lorsqu'elles sont cultivées seules. De manière générale, la diversification végétale augmente de 44 % la présence des prédateurs d'insectes ravageurs et de 54 % la mortalité de ces derniers, réduisant ainsi de 23 % les dommages aux cultures. Pour encourager de telles pratiques, les auteurs invitent à rémunérer les agriculteurs pour les services rendus à l’environnement et les éventuelles pertes associées.

Source : Outlook on Agriculture

Exposition passée aux insecticides, reproduction des abeilles et taux de croissance de la population

Un article paru fin novembre 2021 dans Proceedings of the National Academy of Sciences étudie les conséquences de l’exposition à l’imidaclopride (insecticide) sur la fertilité des osmia lignara. Présentes en Amérique du Nord, ces abeilles mégachilides sauvages et solitaires possèdent de remarquables performances pollinisatrices pour les arbres fruitiers, pour lesquelles elles peuvent être employées par les agriculteurs américains. Si les effets directs de l’exposition des abeilles aux pesticides sont bien documentés, il existe peu de recherches sur la persistance de ces effets d’une génération d’abeilles à l’autre, ou au cours des différentes étapes de leur vie. Pour pallier ce manque, les auteurs ont mené durant deux ans une expérience en environnement clos et contrôlé, à partir d'une plantation d’un mélange de trois fleurs sauvages offrant une nutrition de qualité pour ces abeilles. Ils ont ainsi joué sur l'exposition (ou non) de ces fleurs à l’imidaclopride, et n'ont exposé que les femelles pour analyser la transmission maternelle des effets de l’imidaclopride aux larves.

Schéma du protocole de l’expérimentation

Source : Proceedings of the National Academy of Sciences

Lecture : en (A), la progéniture (44) a été lâchée dans 16 cages. Durant la deuxième année, les cages ont été traitées avec (rouge) ou sans (bleu) imidaclopride et contenaient des butineuses ayant été exposées antérieurement ou non à de l’imidaclopride durant la première année. En (B), cage avec d’abondantes ressources florales (à gauche), une femelle O.lignaria sortant d’un nid (au centre), une butineuse marquée sur une Phacelia tanacetifolia (à droite).

Il ressort de l'étude que l’exposition des abeilles butineuses à cet insecticide, qu'elle soit directe ou résulte d'effets de report d’une exposition passée sur les générations futures, possède un impact significatif sur leurs performances. Sont affectés la reproduction, la nidification ou encore le ratio mâles/femelles entraînant un effet négatif sur la croissance de la population. À titre d’exemple, une exposition antérieure à l’imidaclopride se traduit par une baisse de 20 % du nombre de larves par rapport aux abeilles qui n’ont pas été exposées.

Pour les auteurs de cette étude, plusieurs générations d’abeilles pourraient être nécessaires pour retrouver un équilibre à la suite d'une seule exposition aux pesticides. Ils plaident donc pour la prise en compte de ces effets de report dans l’évaluation des conséquences des pesticides sur les pollinisateurs. Mener ce type d’étude en conditions de plein champ et sur plusieurs années permettrait de mieux appréhender l’ensemble des impacts de l’exposition aux pesticides.

Johann Grémont, Centre d’études et de prospective

Source : Proceedings of the National Academy of Sciences

L’impact de régimes complémentaires d'alimentation sur la performance des colonies d’abeilles

Un article publié en octobre 2021 dans la revue PlosOne propose une évaluation comparative de l’impact d’une alimentation complémentaire sur la santé et la performance des colonies d’abeilles au Pakistan. La disponibilité de la ressource alimentaire en pollen (source de protéines notamment) et en nectar (source d’énergie) est en effet une variable importante pour la conduite des cheptels apiaires. Les auteurs se sont attachés à analyser différents paramètres, témoignant d’une performance plus élevée, comme la charge pollinique, la surface du couvain scellée par les ouvrières, la densité de population et le rendement en miel. Pour ce faire, ils ont travaillé sur cinq groupes de trois colonies ne présentant aucun trouble de santé. En comparant avec le groupe témoin, qui bénéficiait uniquement d’un complément alimentaire en sucre, le résultat de l’étude montre que des compléments protéiques permettent d’améliorer ces paramètres.

Source : PlosOne

Changement climatique, pressions parasitaires et rendements dans les pays tempérés

Des travaux publiés dans Nature Climate Change, en août 2021, suggèrent que le changement climatique impactera différemment la pression des pathogènes des plantes selon les zones de production agricole. D’après les modèles utilisés, les rendements de la plupart des cultures, dans les hautes latitudes, augmenteraient avec les températures tandis que les tropiques ne verraient que peu ou pas de gain. Par contraste, le risque d’infection par les pathogènes des plantes (80 champignons et oomycètes étudiés sur 12 cultures) diminuerait dans les zones tropicales (Brésil, Afrique sub-saharienne, Inde et Asie du Sud-Est), mais augmenterait dans les latitudes plus élevées. Les États-Unis, l’Europe et la Chine pourraient ainsi connaître des changements majeurs dans les associations de populations de pathogènes. Les avantages des gains de rendement dans ces zones de production pourraient donc être tempérés par la charge accrue de la protection des cultures due à l'accroissement des maladies et d'agents pathogènes peu familiers.

Source : Nature Climate Change

Invasions biologiques en France : des impacts économiques importants mais peu documentés

Drosophile japonaise, moustique tigre, ambroisies, etc. : en vingt-cinq ans, les espèces exotiques envahissantes en France auraient coûté entre 1,2 et 10,6 milliards d’euros d’après les récentes estimations d’une équipe de chercheurs (CNRS/université Paris Saclay/AgroParisTech). Elles ont été publiées dans NeoBiota en juillet 2021.

Bien qu’importants, ces coûts sont sous-évalués. Selon les auteurs, la connaissance des dégâts causés sur l'économie française par les invasions biologiques est très limitée et seuls 3 % des 2 621 espèces introduites et envahissantes enregistrées sont étudiés. L'agriculture est le deuxième secteur le plus impacté après la santé, avec un coût estimé à 221 millions € sur les 25 dernières années. Cette étude chiffre également les dépenses de gestion des invasions, estimées huit fois inférieures aux dégâts causés. De ce fait, dans une synthèse à l’attention des décideurs, les chercheurs recommandent de renforcer la biosécurité, la biosurveillance et la connaissance des coûts. Ils proposent de mieux sensibiliser le grand public et les acteurs privés à ces enjeux, et préconisent une réponse législative proportionnelle aux impacts de ces invasions.

Source : NeoBiota

Une évaluation de la législation européenne sur le bien-être animal en élevage

Dans le cadre de la promotion du bien-être animal (BEA) par la Commission, le service de recherche du Parlement européen (EPRS) a été mandaté pour conduire une étude de l'application de la législation européenne et de la place du BEA dans les labels existant dans les pays de l’Union (résultats publiés en juin). Pour ce faire, deux groupes de travail correspondant aux deux volets de l'étude ont consulté la documentation existante et interrogé des personnes concernées (fonction publique et acteurs privés), aux niveaux européen et nationaux.

La législation européenne relative au BEA se compose de 5 directives et cette partie du rapport permet d'en avoir un récapitulatif (figure ci-dessous). Une directive générale de 1998 s'applique à tous les animaux de ferme tandis que 4 autres sont spécifiques aux poules pondeuses, poulets de chair, porcs et veaux. À celles-ci s'ajoutent des mesures nationales ainsi que des labels.

Législation européenne sur le bien-être animal en élevage

Source : European parliament research service (EPRS)

Le rapport émet plusieurs réserves. Il regrette que les directives, en particulier celle de 1998, soient maintenant anciennes et ne correspondent plus aux acquis de la science en matière de BEA. Le texte n'est en outre pas assez précis, souvent sans normes chiffrées. Si les directives relatives aux poules pondeuses, aux porcs et aux veaux ont apporté de réelles améliorations, l'efficacité de celle qui traite des poulets de chair est moins évidente : il est notamment très difficile de faire un lien entre les quelques améliorations des pratiques et la directive. Enfin, les auteurs regrettent des incohérences entre les directives et les politiques commerciales et environnementales.

Ils ont identifié 24 labels comprenant des mesures relatives au BEA, en augmentation ces dernières années (figure ci-dessous). La plupart ont été instaurés par le secteur privé. Ils concernent principalement les filières porcine, poulets de chair et lait de vache. Si la transparence de leurs cahiers des charges est correcte, des études complémentaires sur leur efficacité demeurent nécessaires. Enfin, deux désaccords entre les acteurs privés et la Commission sont dus au caractère national de ces labels : premièrement les acteurs privés craignent une distorsion de concurrence sur le marché intérieur du fait de coûts différents des labels ; en second lieu les différentes normes des labels entraînent des inégalités de revenu entre les producteurs communautaires.

Labels développés dans des États membres, comportant des mesures sur le BEA

Source : EPRS

Franck Bourdy, Centre d'études et de prospective

Source : Service de recherche du Parlement européen

Pesticides à ARN interférent : une perspective d'avenir pour la protection des cultures ?

En 2019 a eu lieu à l'OCDE (Paris) une conférence sur les pesticides à ARN interférent, dans le cadre du Programme de recherche en collaboration : systèmes agricoles et alimentaires durables. Elle a donné lieu à 14 articles (revues de littérature, textes originaux) publiés en 2019 et 2020 dans Frontiers in Plant Science, se concluant par la parution d'un éditorial en juillet 2021. Ce recueil est l'occasion de se pencher sur les opportunités et risques de ces innovations, alors que les technologies à ARN ont été mises en évidence à l'occasion de leur utilisation dans les vaccins contre la Covid-19. Les sujets traités sont divers : mécanismes biologiques de l'interférence à ARN, exemples d'applications pour certaines cultures (ex. : Fusarium de l'orge), évaluation des risques environnementaux et sanitaires (persistance dans l'environnement, action sur des ARN d'autres organismes non ciblés initialement, etc.).

Source : Frontiers in Plant Science

Jessica Oublié, Nicola Gobbi, Kathrine Avraam, Vinciane Lebrun, Tropiques toxiques, Paris, Les escales Steinkis, 2021, 239 p.

Écrit par J. Oublié, Tropiques toxiques porte sur la pollution par le chlordécone des territoires antillais et ses conséquences, retraçant pour cela 70 ans d’usage de la molécule en agriculture, de l’invention du Kepone aux États-Unis en 1952 jusqu’aux recherches françaises actuelles sur la décontamination des écosystèmes. Cette bande dessinée augmentée d'archives accessibles via l'application SnapPress, au service de la documentation scientifique, témoigne des nouvelles formes éditoriales qui rendent compte des controverses contemporaines sur la production alimentaire. Reposant sur une enquête qui inclut 137 entretiens (producteurs, chercheurs, responsables administratifs), l’album est assorti de références bibliographiques et d’une chronologie.

En 1971, la Commission des toxiques déclasse le chlordécone, alors considéré comme un poison, en « simple » substance dangereuse, décision qui inaugure son usage massif dans les bananeraies antillaises. Eu égard à la santé humaine, l’introduction de cette molécule dans les organismes se traduit par des naissances prématurées et une multiplication par deux du risque de cancer de la prostate. Les mécanismes de transfert de la molécule des sols et eaux vers les productions alimentaires sont également documentés. En matière de pêche, la découverte de niveaux de contamination différenciés selon la position des poissons dans la chaîne trophique (plus celle-ci est élevée, plus l’accumulation de la molécule est probable) a participé de la délimitation de zones d’interdiction des captures. Pareillement, différentes cultures sur une même parcelle manifestent des degrés de contamination hétérogènes : trois catégories de produits ont été distinguées, les patates douces, ignames et carottes se caractérisant par une sensibilité élevée.

L’album revient aussi sur les dispositifs d’adaptation à cet environnement dégradé (productions hors sol, recours à des canards et oies « tondeurs de gazon »), ainsi que sur l’effort de recherche, qui porte notamment sur l'analyse de la demi-vie de la molécule dans les organismes animaux, donnée introduite dans la modélisation de scénarios de décontamination. Enfin, l’ouvrage documente les décisions et non-décisions publiques qui ont permis au chlordécone de prospérer en dépit des alertes multiples dont il a fait l’objet.

Les travaux de l’équipe du professeur Sarra Gaspard sur la dépollution des sols

Source : Tropiques toxiques

Nathalie Kakpo, Centre d’études et de prospective

Lien : Les escales Steinkis