Rapport de l’OCDE sur l’utilisation des antimicrobiens en élevage

Publié en octobre, le rapport sur La résistance aux antimicrobiens : utilisation des antimicrobiens dans l'élevage de l’Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE), fait suite à une étude soutenue par la Suède et encouragée par d'autres États membres, dont la France et les Pays-Bas.

Ce rapport présente les caractéristiques des risques liés aux antibiorésistances en médecine humaine ou animale, et distingue les antimicrobiens utilisés en tant que médicaments de ceux utilisés comme promoteurs de croissance. Cette dernière utilisation est interdite depuis le 1^er janvier 2006 dans l’Union européenne, mais est encore pratiquée dans les pays tiers (dont les États-Unis). Les incertitudes et inégalités entre pays dans le domaine de la consommation d'antimicrobiens sont également pointées : de fortes disparités persistent dans l'évaluation de cette consommation en tant que médicaments vétérinaires (dispositifs performants en France, au Royaume-Uni, au Danemark et en Suède, procédures de comptage aux États-Unis et au Canada, mais peu de données pour la plupart des pays en développement).

Le rapport aborde également les aspects économiques qui, souvent, sont devancés par les enjeux de santé. Le cabinet conseil Vetnosis, spécialisé en santé animale et médicament vétérinaire, évalue le marché mondial annuel du médicament vétérinaire à 22 milliards de dollars, ce chiffre ne pouvant être garanti compte tenu des divergences de distribution entre régions. Par ailleurs, les impacts économiques mondiaux des antibiorésistances ne sont pas aisés à quantifier. Or, le recours aux antimicrobiens en élevage peut, dans certains cas, donner lieu à un dilemme entre le gain à court terme (résultant d'une croissance pondérale et d'une productivité accrues) et les coûts à long terme résultant des risques d'antibiorésistance. Les modalités d'utilisation doivent donc faire l'objet d'un compromis à l’échelle de l’élevage.

Le travail autour de ce thème majeur se poursuit au sein de l'OCDE et devrait donner lieu, en fin d'année 2015, à une conférence internationale sur le sujet, qui réunira les experts des gouvernements afin de clarifier les positions et intérêts des pays membres de l’organisation sur cette question. La question de l'impact sur les antibiorésistances de l'utilisation des antimicrobiens en élevage est un enjeu de santé publique fort. Ainsi, le présent rapport cite notamment l'OMS en précisant qu'à l'échelle mondiale, on utilise plus d'antimicrobiens pour traiter des animaux en bonne santé que pour traiter des humains malades.

Madeleine Lesage, Centre d’études et de prospective

Source : OCDE

Analyse de sédiments pour retracer les usages des pesticides

L'édition de novembre de la revue du PNAS rapporte une rétrospective (environ 100 ans) des traitements en herbicides, fongicides et insecticides, réalisée par des laboratoires français et suisse, à l’échelle d’un bassin versant viticole. Pour ce faire, les auteurs ont recouru à l’analyse des sédiments lacustres. Ces recherches ont permis de reconstruire les chroniques d'apparition de nouvelles molécules, leurs usages et aussi leurs interdictions d'application. L’originalité de ce travail, selon ses auteurs, tient dans l’analyse de long terme du stockage des pesticides, retenus dans les sols agricoles par exemple, mais aussi dans l'étude des transferts dynamiques de ces molécules (soit comment les changements de pratiques ou de conditions environnementales peuvent libérer des molécules autrefois stockées dans les sols). Par exemple, le recours au glyphosate, qui est associé à une érosion accrue des sols, a conduit à un relargage dans l’environnement de DDT, molécule rémanente et anciennement stockée dans les sols.

Source : PNAS

Découverte des bases génétiques de la résistance des insectes au coton Bt

Dans un article de la revue Plos One, des scientifiques ont révélé les mécanismes génétiques à l'origine de la résistance de certains insectes au coton Bt, qui secrète lui-même une ou plusieurs toxines insecticides Bt (Bacillus thurigensis) – voir à ce sujet le billet de mai 2013 de ce blog. L'étude a porté sur le ver rose du cotonnier (Pectinophora gossypiella) en Inde, où les populations de ce ravageur sont devenues résistantes. Les chercheurs ont testé l'hypothèse selon laquelle ces insectes étaient devenus résistants à la toxine Bt selon les mêmes mécanismes génétiques que ceux précédemment observés en laboratoire aux États-Unis.

Les résultats ont finalement montré que la résistance des insectes en Inde était associée au même gène codant pour une protéine cadhérine (protéine transmembranaire), mais que les différentes « versions » de cette protéine étaient étonnamment plus nombreuses que celles repérées en laboratoire aux États-Unis. Les chercheurs ont découvert que la diversité de ces protéines était due à un mécanisme génétique appelé « épissage alternatif ».

Ce mécanisme génétique permet d'obtenir, à partir d'un même brin d'ADN, de très nombreux variants de protéines et de générer l'apparition de résistances à certaines toxines. La compréhension des mécanismes selon lesquels les insectes deviennent résistants au coton Bt devrait ainsi ouvrir la voie à l'élaboration de stratégies pour retarder l'apparition de telles résistances.

Noémie Schaller, Centre d'études et de prospective

Source : University of Arizona

La Commission européenne enquête sur les marchés commerciaux des carnivores domestiques

C'est une étude de grande ampleur que la Commission européenne (Direction Générale Santé et protection du consommateur) effectue actuellement sur les pratiques commerciales relatives aux chiens et chats domestiques sur le territoire de l'Union. Douze États membres y sont associés sur la base de l'importance de leurs populations de chats et chiens, et des flux commerciaux : France, Royaume-Uni, Allemagne, Italie, Espagne, Belgique, Pays-Bas, Pologne, Hongrie, Roumanie, Suède et Slovaquie.

L'objectif de cette enquête, qui concerne essentiellement les éleveurs, professionnels ou amateurs, et les revendeurs, est de vérifier le respect des conditions de bien-être animal et de prévenir les risques pour la santé publique ou animale. Les conclusions sont attendues en 2015.

Source : Commission européenne

Mise au point du contrôle génétique de l'un des principaux insectes parasites chez le mouton

Lucilia caprina, surnommée la « mouche à viande du mouton australien », est l'un des insectes ravageurs les plus redoutés en Australie et en Nouvelle-Zélande. L'insecte se nourrit des chairs de l'animal vivant et peut ainsi entraîner sa mort.

L'équipe de Max Scott, professeur d'entomologie à l'université d'État de Caroline du Nord, travaille sur la modification génétique d'une lignée de Lucilia caprina femelles pour les rendre dépendantes à des antibiotiques de type tétracyclines. Le gène de dépendance antibiotique est en effet lié au sexe et ne concerne que les femelles : celles-ci meurent au stade de larve ou de pupe, avant d'atteindre l'âge adulte et donc sans avoir eu le temps de pondre.

Le caractère vital de la présence d'antibiotique a été démontré par des expériences au cours desquelles 100% des mouches femelles mouraient en cas de carence en tétracycline. Par ailleurs, l'un des effets secondaires inattendus mais positifs de la protéine de marquage du gène modifié est la couleur écarlate qu'elle donne aux larves femelles, permettant de les distinguer des mâles.

Des applications de cette méthode sont également à l'étude chez d'autres insectes ravageurs, comme la drosophile ou la lucilie bouchère (Cochliomyia hominivorax), insecte prédateur redoutable. Cette technique peut compléter la technique du « mâle stérile » fréquemment utilisée depuis presque 40 ans dans la lutte contre les parasites, mais d'un coût économique très important.

Madeleine Lesage, Centre d'études et de prospective

Source : Science Daily

L’Anses publie son évaluation des risques d’émergence d’antibiorésistances en santé animale

L'Anses, qui s'était auto-saisie en mars 2011 de la question des risques d’émergence d’antibiorésistances liés aux modes d’utilisation des antibiotiques en santé animale, a récemment publié son rapport.

L'Agence recommande un usage plus économe des antibiotiques en santé animale, notamment un abandon progressif de l'usage préventif, et des utilisations strictes pour les antibiotiques de dernière génération, qui devraient être réservés à des situations particulières et, à tout le moins, à des traitements de deuxième intention. Le recours à des outils de diagnostic est cité comme une piste pour cibler un antibiotique précis et optimiser les traitements. Enfin, l'importance de la bonne organisation de l'élevage et de la biosécurité est mise en avant, notamment pour l'alimentation des animaux et l'hygiène des locaux, sans oublier les critères génétiques de robustesse.

Source : Anses

Évolutions de la population vétérinaire aux États-Unis, de 1990 à 2010

Au cours des vingt dernières années, les modes d'exercice de la profession vétérinaire aux États-Unis ont connu des changements notables. Une étude publiée par le Center for Agricultural and Rural Development (université de l'Iowa) montre que la population des vétérinaires a augmenté proportionnellement plus que la population générale et s'est fortement féminisée. Il est constaté une préférence marquée pour l'exercice urbain, centré sur les animaux de compagnie ou de sport, et un désintérêt (voire une aversion) pour l'exercice rural, et ce principalement pour la filière porcine. Cette tendance est surtout notable chez les vétérinaires femmes.

Source : Center for Agricultural and Rural Development – Iowa State University

Une aide au secteur canadien porcin pour s'adapter aux demandes du consommateur

Le gouvernement canadien a annoncé, fin mai, des mesures pour aider l'industrie du porc à répondre aux attentes des consommateurs, et contribuer à améliorer sa compétitivité économique. Via la grappe porcine canadienne de recherche et développement Swine Innovation Porc,13 millions de dollars sont ainsi destinés à des équipes de recherche qui travailleront sur la résistance aux maladies, le bien-être animal et la valeur nutritionnelle des produits.

Il convient de rappeler que le Canada est touché depuis plusieurs mois par l'épizootie de diarrhée épidémique porcine, maladie dont les conséquences sanitaires et économiques sont très importantes (voir précédent billet sur ce blog d'avril 2014).

Source : Gouvernement du Canada

Le premier rapport de l'Organisation mondiale de la santé sur l'antibiorésistance

L'OMS a publié le 30 avril 2014 son premier rapport sur l'antibiorésistance, issu de données de 114 pays. À cette occasion, Keiji Fuguda, sous-directeur général pour la sécurité sanitaire, a rappelé l'importance de cet enjeu international : le monde pourrait être confronté à une « ère post-antibiotique », impliquant, comme à l'époque « pré-antibiotique », que des infections bénignes puissent être fatales, faute d'antibiotique efficace.

Si le rapport estime prioritaire le risque direct pour la santé humaine, il ne néglige pas pour autant le risque pour la santé animale : ce risque doit être perçu en tant que tel, mais aussi et surtout en tant que facteur aggravant de la problématique « santé humaine ». Le phénomène d'antibiorésistance de germes animaux entraîne des baisses de production alimentaire consécutives aux maladies animales difficilement traitées, mais il peut surtout donner lieu à des transferts de résistances à l'homme, via la chaîne alimentaire ou le contact homme-animal. Keiji Fuguda signale également les lacunes de connaissance existantes sur les mécanismes de transferts inter-espèces.

Par ailleurs, le rapport souligne l'importance de la surveillance organisée des antibiorésistances chez les principales bactéries en cause. Or, si cette surveillance est bien rodée en Union Européenne et dans la plupart des pays occidentaux, il est préoccupant de constater un manque de données en provenance des régions du monde où les risques liés à l'antibiorésistance sont majeurs.

Enfin, pour pallier l'absence d'antibiotiques nouveaux depuis le début des années 1990, le rapport propose qu'une collaboration entre gouvernements et laboratoires pharmaceutiques soit envisagée pour encourager la recherche.

Madeleine Lesage, Centre d'études et de prospective

Source : OMS

Des lunettes intelligentes pour aider à compter les pucerons

L'association régionale de services aux organismes d'élevage (ARSOE) de Bretagne a développé des lunettes intelligentes permettant d'aider à compter les pucerons. Ce nouvel outil doit faciliter le travail et faire gagner du temps lors des comptages qui sont réalisés de façon préventive pour suivre l'évolution des dégâts des cultures. Il est composé de lunettes type Google Glass, d'un micro qui peut convertir la parole en texte et d'une connexion Internet. Ainsi, ces lunettes high-tech permettent de géolocaliser automatiquement le technicien qui réalise le comptage et d'enrichir une base de données distante, au fur et à mesure que ce dernier enregistre les informations au micro. Les lunettes permettent enfin de prendre des photos et d'afficher une bibliothèque d'images pour aider le technicien à reconnaître les insectes.

Source : Ouest-France

Séquençage du génome d’un trypanosome des palmiers

Les trypanosomes sont des organismes unicellulaires pouvant affecter les plantes, les animaux (ex : maladie de Chagas) ou les hommes (ex : maladie du sommeil). Les trypanosomes des plantes peuvent se développer dans la sève et générer d'importantes pertes économiques pour certaines plantes commerciales telles que caféiers, cocotiers et palmiers à huile. Ces pathogènes nécessitent donc souvent le recours massif à des insecticides pour détruire leurs vecteurs.
Des chercheurs, notamment du Cirad et du Génoscope, ont récemment séquencé le génome de deux trypanosomes : un pathogène du cocotier en Guyane et un autre trypanosome qui ne cause apparemment pas de dégâts, et que l'on trouve dans des euphorbes de la région de Montpellier. La comparaison de ces génomes entre eux et à ceux des trypanosomes affectant les hommes a permis de montrer que la plupart des gènes était commune aux deux trypanosomes étudiés. Les résultats ont été publiés dans la revue Plos Genetics. L'identification de gènes du métabolisme des trypanosomes ouvre la voie à la culture in vitro de ces pathogènes, et au développement de nouveaux outils de contrôle des maladies parasitaires des plantes.

Source : Cirad

De nouveaux capteurs connectés pour la surveillance des troupeaux

Les outils connectés continuent à se développer au service des élevages bovins : Vel'Phone® permet de suivre l'arrivée d'un vêlage, Heatphone® de détecter les chaleurs et San'phone® de repérer des troubles de la santé des animaux. Le principe de ces outils, commercialisés par la société Medria, est de placer des capteurs dans l'organisme de la vache, pour recueillir un certain nombre d'informations sur son activité. Ces informations sont communiquées à une base radio GSM jusqu'à plus de 200 mètres. Lorsqu'un événement particulier est détecté, un SMS est envoyé directement sur le portable de l'éleveur pour le prévenir et lui permettre d'intervenir.

Heatphone® fonctionne avec un collier qui, placé autour du cou de la vache ou de la génisse, mesure son activité. Lorsque l'activité est significativement modifiée et devient caractéristique des chaleurs, l'éleveur peut intervenir pour constater lui-même les signes de chaleur et programmer une insémination. Vel'Phone® est quant à lui dédié au suivi des vêlages. Un thermomètre placé dans le canal vaginal de la vache permet d'informer l'éleveur de l'évolution quotidienne de la température, de l'imminence du vêlage et de l'expulsion de la poche des eaux. Ces deux outils sont en outre associés à des serveurs Daily Web Services® (DWS), sur lesquels les relevés zootechniques sont transmis, archivés et analysés en continu. Cette plateforme DWS donne ainsi accès en permanence à un tableau de bord zootechnique et sanitaire de l'exploitation, avec les courbes des mesures réalisées sur les animaux et l'historique des événements. Ces informations peuvent être partagées entre les différents collaborateurs de l'éleveur.

San'Phone® est commercialisé depuis le début de l'année pour proposer un suivi sanitaire des animaux : un thermomètre est ingéré par la vache au début de sa vie. Une fois localisé dans le système ruminal, il mesure la température corporelle de la vache et détecte précocement des troubles de la santé (troubles respiratoires, mammites, etc.), envoyant un SMS dès qu’un animal appelle une attention particulière ou un examen clinique. Un Feedphone devrait être bientôt lancé pour détecter spécifiquement les troubles de l'ingestion et de la rumination grâce à un capteur inséré dans le collier de l'animal. Autant d'outils connectés qui facilitent le travail de surveillance du troupeau pour les éleveurs.

Noémie Schaller, Centre d'études et de prospective

Source : Medria

La FAO presse les pays d'intensifier la lutte contre la jaunisse fusarienne

Dans une note d'information en date du 14 avril 2014, la FAO alerte sur la propagation récente, de l'Asie à l'Afrique et au Moyen-Orient, de la souche Tropical Race 4 de la jaunisse fusarienne. Cette maladie affecte les cultures de bananes, toutes variétés confondues.

Également connue sous le nom de maladie de Panama, la jaunisse fusarienne endommage les bananiers et réduit leur production, bien que le fruit reste comestible. Elle se transmet par le sol et ne peut être contrôlée par les pratiques et fongicides actuellement disponibles. L'enjeu est alors de prévenir sa propagation, due notamment à des mouvements de matériel végétal malade et de particules de sol contaminées.

La banane est considérée par la FAO comme la huitième culture alimentaire mondiale et comme la quatrième pour les pays les moins avancés. Les enjeux sont forts puisque les bananes sont essentiellement produites par de petits exploitants agricoles. Ainsi, moins de 15% de la production mondiale sont exportés.

La FAO recommande aux pays concernés la mise en place de diverses mesures : sensibilisation des acteurs, surveillance de la maladie, mesures de prévention, etc. Un effort concerté des États, de l'industrie, des organismes de recherche et des organisations internationales est ainsi nécessaire pour prévenir la propagation de cette maladie.

Julia Gassie, Centre d'études et de prospective

Source : FAO

Une entreprise d'alimentation animale innove pour l'alternative thérapeutique

La société Nor-Feed Sud, PME française anciennement filiale de la firme danoise Nor-Feed, commercialise des compléments alimentaires pour animaux de production. Ces compléments peuvent constituer des alternatives thérapeutiques, notamment aux antibiotiques, pour lesquels la réduction de l'usage en santé animale et la mise au point d'alternatives sont un enjeu fort des prochaines années. Parmi ses produits, Nor-Feed Sud propose ainsi le Citrozest (additif à base d'agrumes stabilisant la digestion) comme alternative aux antibiotiques. Cette société participe également à un projet de recherche labellisé par le pôle de compétitivité VEGEPOLIS, sur les substances pouvant réduire les émissions de méthane par les ruminants.

Source : Les Échos

Drones, images aériennes et satellitaires au service de l'agriculture

Plusieurs innovations ont récemment vu le jour en matière d'images aériennes, d'images satellites et de drones appliqués à l'agriculture. La start-up Airinov a ainsi révélé son premier drone agricole à l'occasion du salon international de l'agriculture. Développé en partenariat avec l'Inra, ce drone est automatique, il mesure 2 mètres d'envergure et pèse moins de 2 kg. Il est capable de photographier et analyser différents paramètres (taux de chlorophylle, besoin en azote, infestation d'adventices par exemple) et « de fournir aux agriculteurs une carte clés en main, avec une analyse et des préconisations pratiques ». Équipé d'un GPS et d'une caméra multispectrale, le drone permet l'obtention d'images hautes résolutions couvrant de larges zones agricoles. 10 000 ha sont actuellement survolés par ce drone.

Aux États-Unis, où l'utilisation des drones à usage commercial sera réglementé en 2015, la start-up TerrAvion propose un service d'imagerie aérienne à faible coût pour les petites exploitations agricoles en Californie. Ces dernières peuvent en effet ne pas avoir accès à ces données en raison de leur prix élevé. Le service de TerrAvion consiste en la fourniture de photographies classiques et infrarouge prises par avion. Ces photographies servent par exemple à calculer des indices de végétation qui permettent de suivre la croissance des plantes. TerrAvion souhaite pouvoir réduire ses prix en augmentant le nombre de clients et en accroissant le nombre d'hectares photographiés pour chaque vol, y compris dans de nouvelles régions des États-Unis.

Enfin, l'Inra a testé l'intérêt d'utiliser des images satellitaires pour prédire la teneur en matière organique des sols, dans une zone périurbaine où les autorisations de survol seraient difficiles à obtenir (ici la plaine de Versailles en Île-de-France). Le satellite de télédétection SPOT a fourni des données de réflectance du sol, c'est-à-dire d'intensité de la lumière réfléchie par la surface, qui ont permis de prédire les teneurs en carbone organique des sols. L'avantage de cette méthode est qu'elle est moins coûteuse et facilement applicable pour de vastes superficies. Elle permet également d'envisager « la modulation des pratiques agricoles afin d’optimiser par exemple la répartition spatiale des apports de matières organiques ».

Ces nouveaux outils peuvent ainsi apporter des informations supplémentaires à l'agriculteur sur l'état des peuplements végétaux dans les parcelles ou la composition des sols, et constituer des outils d'appoint pour l'aide à la décision. Ils ne peuvent toutefois pas se substituer au diagnostic global de l'agriculteur, seul garant de la cohérence de la conduite d'ensemble du système de production.

Noémie Schaller, Centre d'études et de prospective

Sources : Airinov ; L'Atelier ; Inra