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14/10/2020

The Citrus Genome, A. Gentile, S. La Malfa, Z. Deng

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Réunissant 16 contributions de spécialistes, cet ouvrage est consacré à l’évolution génétique des agrumes, à leur diffusion et leur commercialisation. Là où la majorité des études appréhendent leur origine au moyen de la botanique et à l'échelle des temps géologiques, les auteurs insistent ici sur le rôle de l'action humaine dans la diversification des fruits. Pour cela, ils mobilisent diverses disciplines scientifiques (génétique, agronomie, etc.).

D'après la contribution de G. Zhong et E. Nicolosi, les traces des premiers agrumes ont été identifiées en Chine du Sud, avant qu'ils ne se diffusent dans le reste du monde entre le IVe siècle avant J.-C. et le XIXe siècle. En 2016, 140 pays ont produit 124 millions de tonnes d’oranges (C. sinensis), de mandarines (C. reticulata), de citrons (C. limon), de pomelos (C. paradisi) et de citrons verts (C. aurantifolia). La Chine et l’Inde arrivent en tête des producteurs, la première avec près de 33 millions de tonnes ; se positionnent ensuite des pays méditerranéens (Espagne, Égypte et Turquie) pour 25 millions de tonnes, puis les Amériques avec les États-Unis, le Mexique et le Brésil.

La géographie des échanges est sensiblement différente. 12 % de la production mondiale de fruits frais sont exportés, principalement par les pays méditerranéens (55 % du volume). Sur le marché des produits transformés (20 % de la production mondiale d’agrumes), prévaut la fabrication de jus, le Brésil réalisant la moitié des opérations de transformation. L’avenir de la production est néanmoins hypothéqué par une possible diffusion de la maladie du Huanglongbing. Transmise notamment par des insectes vecteurs (psylles), elle provoque des pertes importantes de rendement et une diminution de la qualité des fruits. Ainsi, cette maladie a détruit une part importante de la production de l’État de Floride.

Principaux pays exportateurs d’agrumes en milliers de tonnes (2016)

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Source : FAO

Le chapitre de P. Ollitrault et ses co-auteurs porte, quant à lui, sur la sélection variétale et la ploïdie des agrumes. La triploïdie est associée à la production de fruits sans graines, caractéristique importante pour le marché des produits frais et l'industrie du jus de fruit. Les porte-greffes tétraploïdes sont liés, eux, à de meilleures adaptations et résilience aux stress abiotiques. Les auteurs passent en revue les connaissances récentes sur les mécanismes naturels de polyploïdie, les apports des biotechnologies et ceux de génotypes haploïdes et polyploïdes pour les recherches en génétique et génomique. Ils présentent enfin les principaux programmes dédiés au niveau mondial (Chine, États-Unis, Espagne et France).

Nathalie Kakpo, Julia Gassie, Centre d'études et de prospective

Lien : Springer

05/09/2014

Des progrès majeurs dans le séquençage du génome de plusieurs plantes commerciales (blé tendre, colza, agrumes)

Plusieurs plantes commerciales ont récemment vu leur génome séquencé, ce qui ouvre la voie à d'importantes avancées en amélioration génétique. Les travaux concernent le blé tendre et le colza, aux génomes quatre à cinq fois plus grands que celui de l'Homme, ainsi qu'une dizaine d'agrumes.

Tout d'abord, l'Inra de Clermont-Ferrand, leader au sein du Consortium International de Séquençage du Génome du Blé (IWGSC), vient de déchiffrer la première séquence de référence du chromosome 3B du blé tendre. Une première ébauche du génome complet de cette céréale est donc désormais disponible. Ce résultat a nécessité « la mise au point d’une stratégie originale de séquençage, le développement d’outils bioinformatiques et l’identification de plusieurs dizaines de milliers de marqueurs moléculaires ». Publié dans la revue Science, ce travail devrait permettre d'identifier des caractères d'intérêt (résistance aux bio-agresseurs, à la sécheresse, amélioration des rendements, etc.). Le Consortium souhaite maintenant terminer le séquençage des 20 autres chromosomes dans les trois ans qui viennent.

Le même type de travaux a été mené sur le colza, par un consortium international d’une trentaine d’instituts de recherche, piloté par l’Inra et le CEA (Genoscope) : ils ont permis de déterminer la séquence de référence du génome complet du colza, ainsi que celle d’une collection de variétés représentant la diversité de cette espèce. La grande majorité des gènes du colza étant dupliqués, les chercheurs ont également pu étudier le « dialogue » entre ces gènes : ils suggèrent que ces derniers peuvent servir de « réservoir important de diversification, d’adaptation et d’amélioration ». Comme précédemment, ces travaux, publiés dans Science, pourraient déboucher sur d'importantes améliorations génétiques (teneur et composition en huile, résistance à des pathogènes, tolérance au froid, etc.).

Enfin, une équipe internationale a séquencé le génome d'une dizaine d'agrumes (oranges, mandarines, pamplemousses, etc.). Ces travaux ont révélé l'histoire de la domestication des agrumes et les liens entre les différentes espèces. Ils ont également démontré leur faible diversité génétique, ce qui pourrait menacer leur survie face aux maladies (ex : maladie du Dragon jaune). Ce travail souligne ainsi la nécessité de créer de nouveaux types d'agrumes permettant de mieux résister aux stress et aux bio-agresseurs.

Noémie Schaller, Centre d'études et de prospective

Sources :

Blé tendre : Inra

Colza : Inra

Agrumes : Nature biotechnology

09:47 Publié dans Agronomie, Enseignement et recherche | Lien permanent | Tags : génome, blé, colza, agrumes, inra |  Imprimer | | | | |  Facebook