Antibiorésistances : les défis des pays de l'hémisphère sud

Les problématiques de santé animale liées aux antibiorésistances, dans les pays de l'hémisphère sud, ont fait l'objet d'une attention particulière lors des Rencontres scientifiques de l'Anses consacrées, le 16 novembre, au thème « Antibiorésistance en santé animale et dans l’environnement ». Selon une représentante du CIRAD, M. Peyre, l'augmentation de la consommation de protéines animales dans les grands pays émergents (Chine, Brésil, Inde et Russie) pourrait conduire à y doubler, d'ici 2030, le recours aux antibiotiques en élevage. Au-delà de cette seule donnée quantitative, l'intervenante a rappelé que les normes et règles sanitaires moins strictes dans certaines zones (Asie du Sud-Est, Afrique) induisaient des risques accrus. Il existe ainsi des hotspots (ou points chauds) mondiaux en matière d'antibiorésistance, notamment mis en évidence dans un rapport publié cette année.

Cet exposé a rappelé que, comme dans les pays développés, les risques liés à l'utilisation des antibiotiques en santé animale, dans les pays du Sud, sont associés à une utilisation excessive mais également inadaptée (temps de traitement trop court, sous-dosage, non respect du temps d'attente). Cette utilisation peut être aggravée par l'existence de médicaments de contrefaçon et par le recours aux antibiotiques comme facteurs de croissance, une pratique toujours autorisée en Asie. Dans le même temps, des travaux sur les facteurs de risque se déploient dans ces pays. Au Vietnam, le réseau GREASE, auquel participent le Cirad et l'Anses, et qui réunit scientifiques, instances décisionnelles et professionnels, développe des outils et méthodes pour surveiller les antibiorésistances à l'interface homme-animal. Le réseau a ainsi mis en place une surveillance spécifique de l'influenza aviaire H5N1, via le projet REVASIA.

Localisation des principaux partenaires du réseau GREASE

Source : GREASE

M. Peyre a également mis en avant la participation du Cirad à des travaux sur des filières importantes localement et notamment l'élevage aquacole, dont les incidences sur le développement d'antibiorésistances peuvent être importantes. En atteste une analyse menée sur la présence de résidus d'antibiotiques dans le poisson et la crevette produits dans les fermes d'eau douce au Vietnam. Un quart des produits mis en vente sur un marché local présenterait des résidus d'antibiotiques, de type fluoroquinolones ou tétracyclines, ce qui serait signe d'un non respect du temps d'attente entre le traitement et la consommation.

À l'échelon mondial, la mise en place de normes de bonnes pratiques, démarche menée par l'Organisation mondiale de la santé animale, est la voie privilégiée pour contrôler les risques de développement des antibiorésistances.

Madeleine Lesage, Centre d'études et de prospective

Lien : Anses

Le coût de l'antibiorésistance mis en avant lors de la semaine « antibiorésistances » 2016

Depuis 2012, la troisième semaine de novembre est consacrée à la lutte contre les antibiorésistances. L'édition 2016 a été l'occasion de présenter divers résultats scientifiques, en particulier en matière d'évaluation du coût de l'antibiorésistance, avec par exemple l'étude Burden BMR publiée en 2015 par l'Institut de veille sanitaire. Par ailleurs, à l'occasion d'un colloque organisé par l'Anses (voir à ce sujet un autre billet sur ce blog), la représentante de la FAO a signalé le lourd tribut que pourraient payer les États du sud. Elle s'est en particulier appuyé sur le rapport de l'économiste britannique Jim O Neill, publié en 2016, anticipant d'ici 2050 la mort de 10 millions de personnes par an des suites de l'antibiorésistance, dont 9 millions dans les pays du sud. Ce même rapport donne des pistes pour diminuer l'impact de l'élevage sur les antibiorésistances. L'auteur estime que l'utilisation d'antibiotiques en élevage est à l'origine d'une grande partie des molécules diffusées dans le milieu extérieur, via le fumier notamment. Le Danemark, qui réussit à concilier production animale intensive (en filière porcine surtout) et consommation antibiotique maîtrisée, est cité en exemple.

Sources : Anses, Ministère des Affaires sociales et de la Santé

Vers une perte d’efficacité d’un antibiotique recours en médecine humaine ?

Le Food Climate Research Network a récemment repris un article publié dans la revue The Lancet Infectious Disease, faisant état de l’identification de germes de résistance à la colistine en Chine, actuellement le premier utilisateur de cet antibiotique dans les élevages de porcs et de volailles. Antibiotique utilisé assez largement en médecine vétérinaire, la colistine peut toutefois s’avérer précieuse en médecine humaine (où elle est peu utilisée), comme antibiotique de dernier recours en cas de résistances du germe traité aux céphalosporines et carbapénèmes. Le mécanisme de résistance a été localisé sur un gène bactérien, nommé mcr-1, qui pourrait être transférable d’espèce à espèce.

Cet antibiotique n’est pas classé actuellement dans la liste des antibiotiques critiques. On notera ici que l’Anses et l'Agence européenne du médicament ont prévu de procéder à une réévaluation des risques liés à l’utilisation de la colistine.

Source : FCRN

Mise en évidence de facteurs d’antibiorésistances

Le bulletin de veille scientifique de l'Anses de décembre 2014 pointe deux facteurs pouvant contribuer au développement des antibiorésistances. Un premier article identifie la diffusion de gènes de résistances dans le milieu naturel, en lien avec des effluents d'origine agricole (fumier de vaches laitières) ou urbaines (eaux usées). Un deuxième article cite plusieurs cas de mise en évidence, chez les carnivores domestiques, d'un portage de bactéries de type staphylocoque multirésistant, et notamment résistant à la méticilline, antibiotique de dernier recours. Ce type de germe est le plus souvent rencontré en milieu hospitalier.

Source : Anses, Anses

Antibiorésistance et santé animale

Une présentation par l’Anses, le 4 novembre, de l'état des lieux en matière d'antibiorésistance en santé animale, a été l’occasion de faire un point sur l’usage médicamenteux vétérinaire dans la filière piscicole. Si le risque environnemental est souvent appréhendé pour l'élevage piscicole (cf. traitements collectifs et milieux ouverts), les risques liés à l'antibiorésistance sont moins souvent évoqués et, de fait, la prévalence de l'antibiorésistance dans les filières aquacoles n'est pas encore évaluée. Il est à noter qu'il existe peu d'antibiotiques pourvus de l'autorisation de mise sur le marché correspondant aux poissons, et, en pratique, des médicaments sont souvent prescrits en-dehors du cadre de leur autorisation de mise sur le marché. Par ailleurs, des programmes de surveillance viennent d'être mis en place pour suivre le risque d’antibiorésistance lié à cette filière (programmes Aquares et Antibiofish).

Source : Anses

L'épandage des effluents d'élevage pourrait augmenter les risques d'antibiorésistance

Une équipe de chercheurs américains a récemment étudié les liens entre effluents d'élevage et antibiorésistance. Publiés dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences, les résultats montrent que l'épandage de fertilisants organiques issus d'élevages n'ayant pas utilisé d'antibiotiques pourrait tout de même favoriser le développement, dans le sol, de bactéries résistantes à certains antibiotiques.

Les scientifiques ont comparé des échantillons de sol sur lesquels ont été appliqués soit de l'azote minéral, soit du fumier provenant d'élevages bovins n'ayant pas utilisé d'antibiotiques. Les bactéries du sol ont été analysées avant et après traitement, et les gènes codant pour les enzymes appelés β-lactamases (responsables de la résistance à certains antibiotiques, dont la pénicilline) ont été recherchés. Il s'est avéré que l'application de fumier favorisait le développement de ces bactéries résistantes, en particulier les Pseudomonas, responsables de nombreuses infections humaines.

Les mécanismes qui facilitent la multiplication de ces bactéries résistantes ne sont pas encore précisément compris, mais les chercheurs font l'hypothèse que l'application de fertilisants organiques peut jouer un rôle soit en facilitant la nutrition des bactéries, soit en éliminant des micro-organismes concurrents. Non seulement les nutriments mais aussi certains métaux présents dans les effluents d'élevage pourraient être en cause, et ces derniers feront donc l'objet de recherches supplémentaires.

Noémie Schaller, Centre d'études et de prospective

Source : PNAS

Une équipe de recherche britannique découvre une faille chez certaines bactéries antibiorésistantes

C'est un pas en avant dans la lutte contre l'antibiorésistance que vient de révéler, dans un article publié le 18 juin 2014 dans la revue Nature, l'équipe scientifique pilotée par le professeur Changjiang Dong, de la Norwich Medical School (University of East Anglia), qui s'est associée pour la circonstance à Neil Paterson de l'université d'Oxford.

Les travaux de recherche ont été réalisés grâce au synchrotron britannique, le Diamond ligth source basé à l'université d'Oxford. Ce microscope géant, qui fournit une lumière 10 milliards de fois plus intense que le soleil, a permis de visualiser la protéine constitutive de la paroi bactérienne et d'en identifier le mécanisme de synthèse et la structure

 Vue de la paroi extérieure de la cellule bactérienne avec les différentes enveloppes protéiques.

 Source : d'après Neil Paterson

La connaissance de la structure de cette protéine donnera la possibilité de rechercher des molécules médicamenteuses capables de la détruire. Cela pourrait être une ouverture vers une nouvelle vague de médicaments, puisque l'équipe de recherche a établi que la bactérie ne pouvait pas survivre si la protéine de paroi était attaquée.

Les travaux ont été menés sur des bactéries dites « à Gram négatif ». Ces bactéries sont pourvues d'une paroi épaisse qui agit comme une barrière défensive, à la fois contre les attaques du système immunitaire de l'hôte ou contre les médicaments bactériens. C'est donc un des principaux facteurs de résistance. Dans cette catégorie figurent certains des germes particulièrement préoccupants sur le plan des résistances bactériennes, tels les salmonelles, les E. coli et les Pseudomonas.

Cette découverte apporte un élément nouveau dans un contexte préoccupant : le risque mondial pour la santé publique lié aux antibiorésistances vient d'être souligné par l'Organisation mondiale de la santé en avril 2014 (voir billet sur ce blog de mai 2014).

Madeleine Lesage, Centre d'études et de prospective

Source : Science Daily

L’Anses publie son évaluation des risques d’émergence d’antibiorésistances en santé animale

L'Anses, qui s'était auto-saisie en mars 2011 de la question des risques d’émergence d’antibiorésistances liés aux modes d’utilisation des antibiotiques en santé animale, a récemment publié son rapport.

L'Agence recommande un usage plus économe des antibiotiques en santé animale, notamment un abandon progressif de l'usage préventif, et des utilisations strictes pour les antibiotiques de dernière génération, qui devraient être réservés à des situations particulières et, à tout le moins, à des traitements de deuxième intention. Le recours à des outils de diagnostic est cité comme une piste pour cibler un antibiotique précis et optimiser les traitements. Enfin, l'importance de la bonne organisation de l'élevage et de la biosécurité est mise en avant, notamment pour l'alimentation des animaux et l'hygiène des locaux, sans oublier les critères génétiques de robustesse.

Source : Anses

Le premier rapport de l'Organisation mondiale de la santé sur l'antibiorésistance

L'OMS a publié le 30 avril 2014 son premier rapport sur l'antibiorésistance, issu de données de 114 pays. À cette occasion, Keiji Fuguda, sous-directeur général pour la sécurité sanitaire, a rappelé l'importance de cet enjeu international : le monde pourrait être confronté à une « ère post-antibiotique », impliquant, comme à l'époque « pré-antibiotique », que des infections bénignes puissent être fatales, faute d'antibiotique efficace.

Si le rapport estime prioritaire le risque direct pour la santé humaine, il ne néglige pas pour autant le risque pour la santé animale : ce risque doit être perçu en tant que tel, mais aussi et surtout en tant que facteur aggravant de la problématique « santé humaine ». Le phénomène d'antibiorésistance de germes animaux entraîne des baisses de production alimentaire consécutives aux maladies animales difficilement traitées, mais il peut surtout donner lieu à des transferts de résistances à l'homme, via la chaîne alimentaire ou le contact homme-animal. Keiji Fuguda signale également les lacunes de connaissance existantes sur les mécanismes de transferts inter-espèces.

Par ailleurs, le rapport souligne l'importance de la surveillance organisée des antibiorésistances chez les principales bactéries en cause. Or, si cette surveillance est bien rodée en Union Européenne et dans la plupart des pays occidentaux, il est préoccupant de constater un manque de données en provenance des régions du monde où les risques liés à l'antibiorésistance sont majeurs.

Enfin, pour pallier l'absence d'antibiotiques nouveaux depuis le début des années 1990, le rapport propose qu'une collaboration entre gouvernements et laboratoires pharmaceutiques soit envisagée pour encourager la recherche.

Madeleine Lesage, Centre d'études et de prospective

Source : OMS