Comment améliorer la durabilité des élevages aquacoles ?

Au niveau mondial, l'aquaculture produit de nos jours plus de biomasse que l'élevage bovin, mais cette production a des effets négatifs pour l’environnement. En juin 2020, des chercheurs ont publié, dans la revue World Aquaculture Society, un article sur les leviers d'amélioration de sa durabilité. Pour eux, l'atteinte de cet objectif passerait par une intensification des systèmes visant à optimiser l'utilisation des intrants et à en limiter les pertes. Outre les questions de traçabilité des produits et de transparence des process de production, l'article se concentre sur les volets environnemental (intrants et infrastructures) et économique de la durabilité.

L'alimentation est un levier de première importance. Les efforts pour diminuer la quantité de poissons sauvages entrant dans la composition des aliments pour espèces carnivores devraient être amplifiés, afin de limiter la compétition avec l'alimentation humaine. Pour améliorer l'acceptation de protéines de substitution (ex. : végétales) par les animaux, la sélection génétique s'avère également une piste intéressante. Peu d'espèces sont en effet domestiquées, comme l'est le saumon, avec un cycle de vie entièrement maîtrisé et une reproduction ne dépendant plus de l'introduction d'individus sauvages. La sélection permettrait pourtant une meilleure adaptation aux conditions d'élevage : résistance accrue à certaines maladies, potentiel de croissance plus élevé, etc. En outre, les additifs alimentaires (probiotiques, enzymes, etc.) jouent un rôle essentiel pour améliorer l'efficacité et la durabilité des systèmes aquacoles, en renforçant le métabolisme des individus et la digestibilité des aliments.

Par ailleurs, les systèmes de production intégrés, qui combinent des espèces de différents niveaux trophiques, de régimes alimentaires variés, ou dont les déchets de l'une favorisent l'élevage de l'autre, sont, pour les auteurs, un outil puissant pour atteindre la durabilité de l'aquaculture. Enfin, la qualité de l'eau, sa réutilisation et l'aquaculture marine offshore sont d'autres leviers mobilisables, analysés également dans l'article.

Aurore Payen, Centre d'études et de prospective

Source : World Aquaculture Society

 

La sélection génomique se développe pour les races allaitantes

Depuis la fin des années 2000, la sélection génomique est largement utilisée en France pour l'amélioration génétique des vaches laitières, en particulier de race Prim'Holstein. Pour les filières allaitantes, cette technique est en revanche très peu déployée. Achevé en 2014, le projet de recherche GEMBAL (Génomique Multi-race des Bovins Allaitants et Laitiers), grâce au développement d'outils de prédiction de la valeur génétique de bovins, devrait permettre prochainement le recours à la génomique pour des races à viande.

La sélection génomique consiste à prédire la valeur génétique d'un animal, en utilisant des informations sur le phénotype (ex : caractéristiques morphologiques) et le génotype d'une population de référence. Il s'agit de dégager des relations statistiques entre l'observation de certains caractères et l'identification de certains marqueurs présents dans le génome : ces relations statistiques, et donc in fine la qualité des index génétiques, sont d'autant plus fiables « que le nombre d’animaux de la population de référence est important, que le phénotypage est précis et que la diversité génétique de la population concernée est faible ». Or, les races allaitantes offrent une grande diversité génétique et peu de phénotypages précis, si bien que la sélection génomique ne pouvait pas, jusqu'à présent, être utilisée de façon fiable.

Le projet GEMBAL, qui rassemblait l'Inra, l'UNCEIA, l'Idele et Races de France, visait à développer la sélection génomique pour diverses races de vaches laitières et allaitantes. Pour cela, des génotypages ont été réalisés sur plusieurs milliers d'animaux, « en essayant d’atteindre au moins un effectif de 200 à 300 animaux génotypés en haute densité par race », et en réalisant des génotypages complémentaires à moyenne densité pour accroître les populations de référence. Diverses méthodologies ont été étudiées pour élaborer des index génomiques pour les différentes races. Pour les races Blonde, Charolaise et Limousine, ces derniers ont été testés pour évaluer le gain en précision par rapport aux index génétiques dits « classiques ». Des index génomiques seront donc disponibles dès 2015 pour les trois principales races allaitantes. Pour les autres races étudiées dans le projet mais à effectif plus limité (Aubrac, Salers, Parthenaise, Rouge Des Prés, Gasconne, Bazadaise), les index génomiques seront déployés « au fur et à mesure que des populations de référence de taille suffisante auront été constituées ».

Noémie Schaller, Centre d'études et de prospective

Source : Inra